姓    名：曹志伟
学    位：博士
导师情况：博士生导师
研究领域：生物信息学，计算生物学
研究方向：

1.多成分协同用药计算；

2.计算机辅助疫苗设计；

联系电话：65980296  

通讯地址：上海市四平路1239号医学楼1013室，同济大学生命科学与技术学院（200092），Email: zwcao@tongji.edu.cn

个人简介：

• 本科毕业于南开大学，硕士毕业于南京大学，博士毕业于新加坡国立大学。上海浦江人才、曙光学者，教育部新世纪优秀人才。中华中医药学会中医药信息分会副主委，世中联中药系统科学与工程专委会副会长，上海中西医结合学会系统医学专业委员会副主任、上海生物信息学会理事等。已承担多项973、863、精准医学、重大专项和自然基金以及上海市项目十余项，以通讯作者发表了Nature Communications, Nucleic acids research等SCI文章100多篇。

• 主要研究多组分协同药效机制和免疫识别规律，以应用于临床疾病预防与治疗：

  • 协同用药计算：整合现代海量组学数据，建立了中医药计算生物学理论方法体系，包括多成分协同药效计算模型RACS，中药多成分靶网络全景分析策略，以及特色中药数据库集群等，应用于抗癌组合用药筛选。

  • 计算机辅助疫苗设计：在挖掘抗体抗原识别规律的基础上，先后建立了抗原空间表位预测工具SEPPA，以及不依赖于实验数据的交叉保护比对工具 CE-BLAST，构建了免疫组学计算新技术，为计算机辅助疫苗设计提供高效计算工具。

     

开设教学课程： 生物信息学概论，计算机辅助药物设计

课题组承担科研项目（部分罗列）：

• 全合成 mRNA 恶性肿瘤治疗性疫苗的设计与构建及转化研究：科技部重点研发

• 中药复方配伍理论的计算模拟与系统分析：科技部国家重点研发

• 中国重大疾病与罕见病临床与生命组学数据库：科技部国家重点研发

• 病毒性肝炎证候生物学基础研究平台的建立：卫生部传染病重大专项

• 抗体结构功能的生物信息学研究：科技部973

• IgG抗体成熟模式的生物信息学研究：自然基金面上

   

近年代表文章：

1. Zhou Chen; Chen Zikun; Zhang Lu; Yan DeYu; Mao Tian; Tang Kailin; Qiu Tianyi;Cao Zhiwei* , SEPPA 3.0-enhanced spatial epitope prediction enabling glycoprotein antigens.Nucleic Acids Res. 2019 Jul 2;47:W388-W394.

2. Qiu Tianyi，et al, Cao Zhiwei* , CE-BLAST: Making it possible to compute antigenic similarity for newly emerging pathogens, Nature Communications 2018 May 2;9(1):1772. 

3.Sun Y, Sheng Z, Ma C, Tang K, Zhu R, Wu Z, Shen R, Feng J, Wu D, Huang D, Huang D, Fei J, Liu Q,Cao Z*， Combining genomic and network characteristics for extended capability in predicting synergistic drugs for cancer, Nature Communications, 2015, Sep 28;6:8481..

4. Qi Tao, Qiu T, Zhang Q, Tang K, Fan Y, Qiu J, Wu D, Zhang W, Chen Y, Gao J, Zhu R, Cao ZW.*  SEPPA 2.0--more refined server to predict spatial epitope considering species of immune host and subcellular localization of protein antigen. Nucleic Acids Res. 2014 Jul;42:W59-63.

5. Hao Ye, Li Ye,Hong Kang,Duanfeng Zhang,Lin Tao,Kailin Tang, Xueping Liu,Ruixin Zhu,Qi Liu, Y. Z. Chen, Yixue Li and Zhiwei Cao* , HIT: linking herbal active ingredients to targets,  Nucl. Acids Res. 2011 Jan;39:D1055-9.

6. Sun J, Wu D, Xu T, Wang X, Xu X, Tao L, Li YX, Cao ZW* . SEPPA: a computational server for spatial epitope prediction of protein antigens.Nucleic Acids Res. 2009 Jul 1;37:W612-6. Epub 2009 May 22.

7. J. Jia, F. Zhu, X.H. Ma, Z.W. Cao , Y.X. Li and Y.Z. Chen, Mechanisms of drug combinations from interaction and network perspectives. Nat. Rev. Drug Discov., 2009 Feb;8(2):111-28.