研究领域：生物信息学，计算转录组学，重复序列调控基因表达，非编码RNA转录加工及功能

研究方向：

1. 转座子介导的基因表达调控机制研究

2. 调控性非编码RNA生成加工机制及其生物学功能研究

3. 多组学高通量数据整合及计算生物学算法开发

E-mail：zhangxiaoou@tongji.edu.cn

通讯地址：上海市杨浦区四平路1239号，同济大学生命科学与技术学院，200092

实验室主页：xozhanglab.com

个人简介：

2011年7月毕业于华中农业大学，获华中农业大学生物工程学士学位和华中科技大学计算机科学与技术第二学士学位。2016年7月毕业于中国科学院上海生命科学研究院计算生物学研究所（中国科学院-马普学会计算生物学伙伴研究所），获计算生物学理学博士学位，博士期间主要从事特殊结构长非编码RNA生成加工机制的研究。2016年9月至2020年9月在美国麻省大学医学院从事博士后研究，主要方向为转座子介导的基因表达调控机制研究。2020年12月加入同济大学生命科学与技术学院，入选国家海外高层次人才引进计划青年项目和上海市海外高层次人才引进计划，受聘同济大学“青年百人计划”A岗教授，兼任同济大学附属妇产科医院/上海市第一妇婴保健院研究员。

长期从事针对非编码RNA序列的计算生物学交叉研究，主要通过整合多组学高通量数据，开发新型计算分析算法，系统探究转座子等重复序列在基因表达调控中的作用，解析非编码RNA生成加工机制及其生物学功能，以期拓展人们对于基因表达在转录/转录后水平调控复杂性和多样性的认识，进一步推动非编码序列在人类健康及疾病治疗方面的研究。截止到2024年5月，已发表SCI研究论文36篇（h-index: 24），其中在Cell、Mol Cell、Genome Res等学术期刊发表第一或通讯作者研论文10篇，并被Cell、Nature、Nat Rev Genet等多次专评，Google Scholar累计引用9000余次。曾获吴瑞奖学金、中国科学院院长特别奖、中国科学院优秀博士论文奖、中国科学院大学-必和必拓奖学金，以及邹承鲁杰出研究论文奖等多项殊荣。

本课题组常年招聘博士后和研究生，欢迎博士生、硕士生、本科生报考和实习。

代表性文章：

(* 共同第一作者; † 通讯作者)

1. Gu X, Wang M, Zhang XO†. TE-TSS: an integrated data resource of human and mouse transposable element (TE)-derived transcription start site (TSS). Nucleic Acids Res. 2024, 52:D322-D333.

2. Sun S*, Zhao Q*, Zhao Y, Geng M, Wang Q, Gao Q, Zhang XO†, Zhang W†, Suai L†. BCL2 is a major regulator of haploidy maintenance in murine embryonic stem cells. Cell Prolif. 2023, e13498.

3.  Zhang XO, Pratt HE, Weng Z†. Investigating the potential roles of SINEs in the human genome. Annu Rev Genomics Hum Genet.

2021. 22:199-218.

4. Zhang P*, Zhang XO*, Jiang T, Cai L, Huang X, Liu Q, Li D, Lu A, Liu Y, Xue W, Zhang P†, Weng Z†. Comprehensive identification of alternative back-splicing in human tissue transcriptomes. Nucleic Acids Res. 2020, 48:1779-1789.

5. Zhang XO, Gingeras TR, Weng Z†. Genome-wide analysis of polymerase III–transcribed Alu elements suggests cell-type–specific enhancer function. Genome Res.2019, 29:1402-1414.

6. Zhang XO, Fu Y, Mou H, Xue W, Weng Z†. The temporal landscape of recursive splicing during Pol II transcription elongation in human cells. PLoS Genet. 2018, 14:e1007579.

7. Zhang XO*, Dong R*, Zhang Y*, Zhang JL, Luo Z, Zhang J, Chen LL†, Yang L†. Diverse alternative back-splicing and alternative splicing landscape of circular RNAs. Genome Res. 2016, 26:1277-1287. (ESI高引论文 top 1%)

8. Zhang XO*, Wang HB*, Zhang Y, Lu X, Chen LL†, Yang L†. Complementary sequence-mediated exon circularization. Cell. 2014, 159:134-147. (期刊亮点推荐，ESI高引论文 top 1%)

●        编辑专评：Vicens Q and Westhof E. Cell. 2014, 159:13-14

●        研究亮点推荐：Burgess DJ. Nat Rev Genet. 2014, 15:707

●        F1000 推荐

9. Zhang XO*, Yin QF*, Wang HB, Zhang Y, Chen T, Zheng P, Lu X, Chen LL†, Yang L†. Species-specific alternative splicing leads to unique expression of sno-lncRNAs. BMC Genomics. 2014, 15:287.

10. Zhang Y*, Zhang XO*, Chen T, Xiang JF, Yin QF, Xing YH, Zhu S, Yang L†, Chen LL†. Circular intronic long noncoding RNAs. Mol Cell. 2013, 51:792-806. (期刊亮点推荐，ESI高引论文 top 1%)

●        编辑专评：Bolisetty MT and Graveley BR. Mol Cell. 2013, 51:705-706

●        研究亮点推荐：Nature. 2013, 501:464

●        研究亮点推荐：Reid T. Nature China. 2013, Epub. on October 2^nd (doi:10.1038/nchina.2013.95)