2021年2月，康九红课题组在Nucleic Acids Research杂志上发表研究论文“PAUPAR and PAX6 sequentially regulate human embryonic stem cell cortical differentiation”。

长链非编码RNA（long noncoding RNA，lncRNA）是指一类分子大于200 nt且缺少蛋白编码能力的非编码RNA。这类RNA广泛地分布在生物体不同组织、细胞中，并参与到各类组织和细胞的特化调控过程中。在胚胎干细胞神经分化过程中，有大量lncRNA起到重要调控作用，然而这些lncRNA调控的具体机制尚不明确。我们研究了基因组位置与转录因子PAX6相邻的长链非编码RNA PAUPAR，发现PAUPAR在人ESC向神经上皮细胞分化过程中表达上调，其对于人ESC向大脑皮层神经上皮细胞分化是必需的，抑制PAUPAR会显著抑制ESC向大脑皮层方向分化；机制研究发现，PAUPAR能够与PAX6结合，调控PAX6在SOX1等神经相关基因转录调控区域的结合，调控这些下游基因的表达。进一步，PAX6通过招募组蛋白甲基转移酶NSD1，形成PAX6/ PAUPAR /NSD1调控复合物，调节下游基因区域的H3K36me修饰，从而影响RNA聚合酶II在这些基因区域的延伸，以调控这些神经相关基因的表达水平，继而促进大脑皮层的分化。该研究阐明了lncRNA PAUPAR在人ESC神经分化中的调控作用，也使我们能够更好地理解人脑的发育。

徐焱鑫博士、奚佳捷博士和汪贵英博士为本文的共同第一作者，康九红教授为本文的通讯作者。该工作得到了科技部重点研发计划、国家自然科学基金委、上海市科委等项目的支持。