姓名：曹端华

学位：博士

导师情况：博士生导师

研究领域：生物信息学、人工智能、药物设计

E-mail：caodh@tongji.edu.cn

通讯地址：上海市四平路1239号，同济大学生命科学与技术学院（200092）医学楼914

实验室主页：建设中……

个人简介：

曹端华，同济大学生命科学与技术学院生物信息系特聘研究员、PI、博士生导师。研究方向为生物信息学，人工智能、药物设计、蛋白设计。前期的研究聚焦于人工智能与药物设计的交叉领域，研究内容包括不同模态的药物分子筛选、生成、及优化等。研究工作发表在Nat. Methods、Nat. Mach. Intell.等期刊。我们的研究聚焦于人工智能、生物信息学与药物设计的交叉领域，旨在开发新一代智能系统，为临床患者寻找更好的药物，具体包含：（1） 通过生成式人工智能（例如Diffusion、Flow Matching、LLM）整合多模态数据进行分子发现和设计（2） 基于结构/序列的智能药物精准推荐系统（3）利用大语言模型从蛋白-配体数据中学习和推理，并用于药物的发现和改造。  

近年来，AI for Science（人工智能驱动的科学研究）在全球范围内掀起热潮。从AlphaFold系列破解蛋白质结构预测难题，到生成式AI加速新材料、新药物发现，人工智能正以前所未有的方式重塑传统科研模式。我们诚邀博士生、硕士生、博士后、研究助理、以及本科同学加入我们团队，一起探索这个充满潜力与未知的领域！ (长期有效)

代表文章：

#:第一作者 *: 通讯作者

[1] Cao, D.#, Chen, G. #, Jiang, J., Yu, J., Zhang, R., Chen, M., ... & Zheng, M*. (2024). Generic protein–ligand interaction scoring by integrating physical prior knowledge and data augmentation modelling. Nature Machine Intelligence, 6(6), 688-700.

[2] Cao, D. #, Chen, M. #, Zhang, R. #, Wang, Z., Huang, M., Yu, J., ... & Zheng, M*. (2024). SurfDock is a surface-informed diffusion generative model for reliable and accurate protein– ligand complex prediction. Nature Methods, 1-13. 

[3] Zhang, R. #, Jiang, X. #, Cao, D. #, Yu, J., Chen, M., Fan, Z., ... & Zheng, M*. (2024). PackDock: a Diffusion Based Side Chain Packing Model for Flexible Protein-Ligand Docking. bioRxiv, 2024-01.

[4] Yu, J. #, Sheng, X. #, Fan, Z. #, Wang, Z. #, Cao, D. #, Hao, Y., ... & Zheng, M*. (2025). Advancing Ligand Binding Affinity Prediction with Cartesian Tensor-Based Deep Learning. bioRxiv, 2025-06.

[5] Li, R., Chen, L., He, X., Cao, D., Zhang, Z., Jiang, H., ... & Cheng, X*. (2023). Loops mediate agonist-induced activation of the stimulator of interferon genes protein. Journal of Chemical Information and Modeling, 63(23), 7373-7381. 

[6] Zhang, W., Wang, Q., Kong, X., Xiong, J., Ni, S., Cao, D., ... & Zheng, M*. (2024). Fine-tuning large language models for chemical text mining. Chemical Science, 15(27), 10600-10611. 

[7] Long, X., Zhang, S., Wang, Y., Chen, J., Lu, Y., Hou, H., ... Cao, D. ,... & Wang, X*. (2024). Targeting JMJD1C to selectively disrupt tumor Treg cell fitness enhances antitumor immunity. Nature Immunology, 25(3), 525-536.

[8] Yu, J., Li, Z., Chen, G., Kong, X., Hu, J., Wang, D., ... Cao, D.... & Zheng, M*. (2023). Computing the relative binding affinity of ligands based on a pairwise binding comparison network. Nature Computational Science, 3(10), 860-872.