科研进展

Nucleic Acids Research|曹志伟课题组建立中药成分靶点平台HIT 2.0

发布时间:2021-11-25  

中草药有效成分作为中草药发挥药效功能的物质基础,一直是新药开发的重要资源。1981-2019 年间,FDA 批准的药物中有 33.6%源自天然草药或其衍生物[1]。其中,草药成分靶点信息是药物研发与药理学研究的关键信息。全球首个中药成分实验靶点数据库Herbal Ingredients, TargetsHIT)由曹志伟教授课题组于2011年人工审核建立[2]。近十年,随着草药成分及其靶点研究文献的快速增长,如何快速更新靶点与实验证据已成为新的挑战。

202111月,曹志伟课题组在Nucleic Acids Research杂志上发表文章“HIT 2.0: an enhanced platform for Herbal Ingredients, Targets”,建立了中药成分靶点平台HIT 2.0http://hit2.badd-cao.net),提供了最新版靶点数据库与靶点挖掘互动在线系统。

经过文本挖掘技术的筛选与严格的人工审核,最新版数据库共收录了7000余篇文献,描述了10000多对中药成分-靶点相互作用关系,涵盖1237种中药有效成分和 2208个基因/蛋白靶点。通过分子靶点,HIT2.0 与西药靶点数据库 TTDFDA批准药物建立了直接链接。

另外,为弥补常规数据库无法及时更新的局限,HIT2.0还提供了每日更新的、可与用户互动的靶点文献挖掘与在线审核功能。平台可自动检索、精准推荐目标化合物的最新靶点文献,文献搜索范围涵盖PubMed 2010年至检索当天最新发表的文章摘要。用户可下载相关文献,也可利用在线审核系统,快速建立自己的靶点清单。


HIT 2.0平台为中药有效成分提供了迄今为止最为丰富的实验靶点信息,并方便了科研人员跟踪最新文献以收集补充靶点。 HIT 系统将持续为中药作用机制研究、新药发现以及潜在新靶点发现提供有力支持。

曹志伟课题组长期从事中药多成分多靶点协同药效研究,建立了“复方-成分-代谢-靶点”开放性中药数据资源共享平台,研发了中药作用机制计算策略和计算平台,探索了中药配伍和量效关系研究模式,为中药复方新药创制和经方优化提供计算支撑。同济大学硕士研究生闫德宇、郑根徽为共同第一作者,曹志伟教授、唐凯临副教授为共同通讯作者,同济大学为该论文第一单位,本项研究获得科技部重点研发计划支持。

 

原文链接:https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkab1011/6431818

数据平台链接:http://hit2.badd-cao.net

 

1.Newman, D.J. and Cragg, G.M. (2020) Natural Products as Sources of New Drugs over the Nearly Four Decades from 01/1981 to 09/2019. J Nat Prod, 83, 770-803.

2.Ye, H., Ye, L., Kang, H., Zhang, D., Tao, L., Tang, K., Liu, X., Zhu, R., Liu, Q., Chen, Y.Z. et al. (2011) HIT: linking herbal active ingredients to targets. Nucleic Acids Res, 39, D1055-1059.

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