姓        名： 江赐忠

学         位：博士

导师情况：博士生导师

研究领域：生物信息学，表观遗传组学

研究方向：

(1) 早期胚胎发育中的表观遗传调控机制；

(2) 细胞命运决定与转变中的表观遗传调控机制；

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联系电话：021-6598-1193

通讯地址：上海市四平路1239号，同济大学生命科学与技术学院（200092）

个人简介：

长聘教授，二级教授，博士生导师，国家重大科学研究计划首席科学家。南开大学学士与硕士，美国爱荷华州立大学（Iowa State University）遗传学博士。毕业后先后在美国冷泉港实验室、弗吉尼亚联邦大学、宾夕法尼亚州立大学从事博士后研究。主要研究早期胚胎发育、细胞命运决定与转变、癌症发生发展过程中的表观遗传调控机制。在Nature、Cell Stem Cell、Cell Research、PNAS、Genome Biology、Dev Cell、Adv Sci等期刊发表SCI论文110余篇。主持国家重大科学研究计划项目、国家自然科学基金重大研究计划项目与面上项目10余项。先后获得教育部“新世纪优秀人才”、上海市“浦江人才”、“曙光人才”、“东方学者”特聘教授项目资助。学术任职有：上海市遗传学会理事、广东省高性能计算学会常务理事、上海市实验医学研究院分子诊断创新技术研究所人工智能与大数据技术中心主任、中国抗癌协会肿瘤标志专业委员会委员等。

研究领域：

基因在时空上的精确表达受各种表观遗传因素的调控。基因表达差异导致不同的表型，如高矮胖瘦、健康与生病。目前研究较多的表观遗传因素有DNA甲基化、组蛋白修饰、核小体定位、染色质高级结构、非编码RNA、RNA修饰与编辑等。我们课题组聚焦前四种表观四会因素在早期胚胎发育、细胞命运决定、重大疾病中的表观遗传调控机制。

一、早期胚胎发育中的表观遗传调控机制

精卵结合经过卵裂、增殖、分化，形成形态各一功能迥异的不同细胞。这些细胞组合形成组织，多种组织再进一步形成器官，最后形成一个个体。透过现象看本质，这些形态各一功能迥异的细胞都来自一个受精卵，拥有相同的一套基因。但在胚胎发育过程中，相同的一套基因受到精确的表观遗传调控，在时空上表达不同，从而形成形态各一功能迥异的不同组织细胞。在早期胚胎发育中，最初由卵子中带来的RNA与蛋白支撑受精卵发育，很快过渡到由合子基因组启动自身转录表达来支撑受精卵后续的发育，这一过程叫合子基因组启动（也叫母源到合子转变），它对早期胚胎发育至关重要，也受到精确的表观遗传调控。此外，在整个胚胎发育过程中，表观遗传基因调控出现异常，重则导致胚胎发育停滞，轻则导致出生缺陷，给社会与个人家庭带来极大负担与痛苦。我们通过正常受精与体细胞核移植的小鼠早期发育各阶段胚胎，利用多组学技术，通过生物信息学分析与实验验证，研究早期胚胎发育过程中的表观修饰图谱变化，鉴定关键蛋白因子，并探索其对早期胚胎发育的表观遗传调控机制。研究成果对理解和预防发育异常相关疾病有重大意义，在辅助生殖、畜牧业中优良品种及濒危物种的保种育种有重要应用价值。

二、细胞命运决定与转变中的表观遗传调控机制

胚胎干细胞具有全能性，能分化成生物体的各种细胞。反之，经过体细胞重编程，可把已分化的体细胞诱导成具有全/多能性干细胞。另外，对少数类型细胞，通过转分化技术，可直接把一种类型体细胞转变成另一种类型体细胞，即细胞转分化。在上述细胞命运决定与转变过程中，表观遗传调控发挥重要作用。我们课题组利用成熟的体外细胞分化平台、体细胞重编程技术与转分化技术，用二代测序技术测定不同阶段的基因表达、各种表观修饰、关键转录因子全基因组结合位点，通过生物信息学分析与实验验证，探索细胞命运决定与转变中的表观遗传调控机制。研究成果为高效获得高质量的干细胞、前体细胞、特定分化细胞提供理论依据与技术支撑，促进干细胞在基础研究与临床治疗中的应用。

三、癌症发生、发展、转移与耐药的表观遗传调控作用及机制

大量研究表明，许多重大疾病如癌症、老年痴呆等神经退行性疾病都与表观遗传基因调控紊乱有密切关系。癌症是最难治疗的疾病之一，严重危害人类健康。癌症之所以难治疗，是其具有转移与耐药的特性。二者皆与表观遗传调控有密切关系。我们课题组通过体外细胞水平、小鼠体内、与临床样本三个层次，探究癌症干细胞干性维持、癌细胞转移与耐药的表观遗传调控机制，鉴定关键蛋白因子与基因组位点，作为潜在的治疗与药物靶点。研究成果可改善我们对癌症发生、发展、转移与耐药调控机制的理解，最终促进临床上对癌症的诊断与治疗。

代表性文章(Selected Publications, * 并列第一, # 共同通讯)：

1.Liu W, Cui X, Zhang Y, Gu L, He Y, Li J, Gao S,3 Gao R#, Jiang C#. (2024) Transcriptome Dynamics and Cell Dialogs Between Oocytes and Granulosa Cells in Mouse Follicle Development. Genom Proteom Bioinf. 2024. Jul 2; 22(2):qzad001. doi: 10.1093/gpbjnl/qzad001.

2.Gao R*#, Yang G*, Wang M*, Xiao J*, Yi S, Huang Y, Guo Z, Kang Y, Fu Q, Wang M, Xu B, Shen S, Zhu Q, Liu M, Wang L, Cui X, Yi S, Kou X, Zhao Y, Gu L, Wang H, Gao S#, Jiang C#, Chen J#. (2024) Defining a TFAP2C-centered transcription factor network during murine peri-implantation. Dev Cell. 2024 May 6; 59(9):1146-1158.e6. doi: 10.1016/j.devcel.2024.03.015. Epub 2024 Apr 3.

3.Zheng W*, Wang L*, He W, Hu X, Zhu Q, Gu L#, Jiang C#. (2023) Transcriptome profiles and chromatin states in mouse androgenetic haploid embryonic stem cells. Cell Prolif. 2023 Sep; 56(9):e13436. doi: 10.1111/cpr.13436. Epub 2023 Mar 1.

4.Wu C*, Liu Y*, Liu W*, Zou T*, Lu S, Zhu C, He L, Chen J, Fang L, Zou L, Wang P, Fan L, Wang H, You H, Chen J#, Fang JY#, Jiang C#, Shi Y#. (2023) NNMT-DNMT1 Axis is Essential for Maintaining Cancer Cell Sensitivity to Oxidative Phosphorylation Inhibition. Adv Sci (Weinh). 2022 Nov 16;10(1):e2202642. doi: 10.1002/advs.202202642.

5.Liu M*, Guo G*, Qian P*, Mu J*, Lu B, He X, Fan Y, Shang X, Yang G, Shen S, Liu W, Wang L, Gu L, Mu Q, Yu X, Zhao Y, Culleton R, Cao J, Jiang L, Wellems TE#, Yuan J#, Jiang C#, Zhang Q#. (2022) 5-methylcytosine modification by Plasmodium NSUN2 stabilizes mRNA and mediates the development of gametocytes. Proc Natl Acad Sci U S A. 2022 Mar 1;119(9):e2110713119. doi: 10.1073/pnas.2110713119.

6.Yang G*, Zhang L*, Liu W*, Qiao Z, Shen S, Zhu Q, Gao R, Wang M, Wang M, Li C, Liu M, Sun J, Wang L, Liu W, Cui X, Zhao K, Zang R, Chen M, Liang Z, Wang L, Kou X, Zhao Y, Wang H, Wang Y, Gao S#, Chen J#, Jiang C^#. (2021) Dux-Mediated Corrections of Aberrant H3K9ac during 2-Cell Genome Activation Optimize Efficiency of Somatic Cell Nuclear Transfer. Cell Stem Cell. 2021 Jan 7; 28(1):150-163. doi: 10.1016/j.stem.2020.09.006.  

7.Chen M*, Zhu Q*, Li C*, Kou X, Zhao Y, Li Y, Xu R, Yang L, Yang L, Gu L, Wang H, Liu X#, Jiang C^#, Gao S#. (2020) Chromatin architecture reorganization in murine somatic cell nuclear transfer embryos. Nat Commun. 2020 Apr 14; 11(1):1813. doi: 10.1038/s41467-020-15607-z.

8.Chen X, Ye Y, Gu L, Sun J, Du Y, Liu WJ, Li W, Zhang X, Jiang C. (2019) H3K27me3 Signal in the Cis Regulatory Elements Reveals the Differentiation Potential of Progenitors During Drosophila Neuroglial Development. Genom Proteom Bioinf. 2019 Jun; 17(3):297-304. doi: 10.1016/j.gpb.2018.12.009.

9.Li J*, Shen S*, Chen J*, Liu W, Li X, Zhu Q, Wang B, Chen X, Wu L, Wang M, Gu L, Wang H, Yin J, Jiang C^#, Gao S#. (2018) Accurate annotation of accessible chromatin in mouse and human primordial germ cells. Cell Res. 2018 Nov;28(11):1077-1089. doi: 10.1038/s41422-018-0096-5.

10.Du Y, Liu Z, Cao X, Chen X, Chen Z, Zhang X, Zhang X#, Jiang C^#. (2017) Nucleosome eviction along with H3K9ac deposition enhances Sox2 binding during human neuroectodermal commitment. Cell Death Differ. 2017 Jun; 24(6):1121-1131.

11.Ye Y*, Li M*, Gu L, Chen X, Shi J, Zhang X#, Jiang C^#. (2017) Chromatin remodeling during in vivo neural stem cells differentiating to neurons in early Drosophila embryos. Cell Death Differ. 2017 Mar 7; 24(3):409-420.

12.Shi J*, Zheng M*, Ye Y, Li M, Chen X, Hu X, Sun J, Zhang X#, Jiang C^#. (2014) Drosophila Brahma complex remodels nucleosome organizations in multiple aspects. Nucleic Acids Res., 42(15):9730-9.

13.Jiang C and Pugh BF. (2009) A compiled and systematic reference map of nucleosome positions across the Saccharomyces genome. Genome Biology, 10:R109.  

14.Jiang C and Pugh BF. (2009) Nucleosome positioning and gene regulation: advances through genomics. Nature Reviews Genetics, 10(3):161-72. Cover Story

15.Mavrich TN*, Jiang C*, Ioshikhes IP, Li X, Venters BJ, Zanton SJ, Tomsho LP, Qi J, Glaser RL, Schuster SC, Gilmour DS, Albert I, Pugh BF. (2008) Nucleosome organization in the Drosophila genome. Nature, 453(7193):358-62. Article 

16.Jiang C*, Han L*, Su B, Li WH and Zhao Z. (2007) Features and Trend of Loss of Promoter-Associated CpG Islands in the Human and Mouse Genomes. Mol Biol Evol. 24(9):1991-2000.

17.Jiang C, Xuan Z, Zhao F, and Zhang MQ. (2007) TRED: a Transcriptional Regulatory Element Database, new entries and other development. Nucleic Acids Res., 35: D137-D140.

18.Jiang C, Gu X, and Peterson T. (2004) Identification of conserved gene structures and carboxy-terminal motifs in the Myb gene family of Arabidopsis and Oryza sativa L. ssp. indica. Genome Biology, 5(7): R46.

19.Jiang C, Gu J, Chopra S, Gu X#, and Peterson T#. (2004) Ordered Origin of the Typical Two- and Three-Repeat Myb Genes. Gene, 326: 13-22.

20.江赐忠，宋文芹，李秀兰，陈瑞阳。(1998) 黑麦1R染色体的微切微克隆研究。植物学报，40(11): 988-993。