姓 名：朱瑞新

学 位：博士

导师情况：博士生导师

研究领域：生物信息学

研究方向：

1. 人工智能与药物设计（消化内科和妇产科等疾病药物筛选和设计);  

2. 人工智能与微生物组（无创诊断、宿主-微生物互作和合成生物学）；

3. 数据密集型（数据驱动）研究算法与平台开发。

课题组网站：cadd.tongji.edu.cn

E-mail：rxzhu@tongji.edu.cn

个人简介   

朱瑞新博士现任同济大学生命科学与技术学院生物信息系教授、博士生导师。兼任同济大学附属妇产科医院（上海市第一妇婴保健院）特聘研究员。2001年毕业于兰州大学化学化工学院，获化学学士学位。2007年毕业于中国科学院上海有机化学研究所，获计算机化学博士学位。2007-2008年在上海生物信息技术研究中心从事科研工作。2008年至今在同济大学生命科学与技术学院从事教学和科研工作。以第一或通讯作者身份(含并列)在包括Nature Microbiology、Nature Ecology & Evolution、Nature Protocols、Nature Communications和Cell Reports Medicine等知名期刊发表SCI论文82篇（截止到2025年5月）。主编出版了国内“计算机辅助药物设计”第一本本科生专业教材：《计算机辅助药物设计：基本方法原理概要与实践详解》（朱瑞新编著，大连理工大学出版社，2011年，ISBN 978-7-5611-6104-3）。任期刊Frontiers in Pharmacology和Frontiers in Microbiology副主编，任期刊iMetaMed编委。同时，为以下期刊担任审稿：Nature Medicine、Nature Microbiology、Signal Transduction and Targeted Therapy、Briefings in Bioinformatics、Genomics, Proteomics & Bioinformatics、Journal of Chemical Information and Modeling和Bioinformatics等。主持微生物组和/或消化内科等相关国家级项目多项。已培养出2名独立PI（浙江大学、复旦大学）。

主持的科研项目

1.  2023-2024，国家自然科学基金重大研究计划集成项目(编号: 92251307)第二课题

2.  2022-2024，国家重点研发计划(编号: 2021YFF0703700/2021YFF0703702)子任务

3.  2022-2025，国家自然科学基金(编号: 82170542) 

4.  2018-2021，国家自然科学基金(编号: 81774152) 

5.  2016-2019，上海市自然科学基金-探索类项目(编号:16ZR1449800) 

6.  2015-2016，中央高校基本科研业务费专项资金-跨学科交叉项目(编号:10247201546)

7.  2013-2015，国家自然科学基金(编号:31200986) 

8.  2013-2014，中央高校基本科研业务费专项资金-英才计划(编号:2000219083) 

9.  2010-2012，教育部高等学校博士学科点专项科研基金(编号:2010-0072120050) 

10. 2008-2009，同济大学青年优秀人才培养行动计划(编号:2008KJ073) 

11. 2007-2010，上海市自然科学基金项目(编号:07ZR14085) 

代表性论文

^{1. Wanning Chen$, Yichen Li$, Wenxia Wang$, Sheng Gao, Jun Hu, Bingjie Xiang, Dingfeng Wu, Na Jiao, Tao Xu, Min Zhi*, Lixin Zhu*, Ruixin Zhu* (2024). Enhanced microbiota profiling in patients with quiescent Crohn's disease through comparison with paired healthy first-degree relatives. Cell Reports Medicine, https://doi.org/10.1016/j.xcrm.2024.101624. (Highlighted in Cell Reports Medicine)}                      

^{2.Na Jiao*, Lixin Zhu*, Ruixin Zhu*}. (2024). The search for authentic microbiome–disease relationships. Nature Medicine, https://doi.org/10.1038/s41591-024-02920-z.  ^{(Invited & Featured)}

^{3. Wenxing Gao#, Weili Lin#, Qiang Li#, Wanning Chen, Wenjing Yin, Xinyue Zhu, Sheng Gao, Lei Liu, Wenjie Li, Dingfeng Wu, Guoqing Zhang*, Ruixin Zhu*, Na Jiao*. (2024). Identification and validation of microbial biomarkers from cross-cohort datasets using xMarkerFinder, Nature Protocols, https://doi.org/10.1038/s41596-024-00999-9.}

^{4. Xiang Gao#, Ruicong Sun#, Na Jiao#, Xiao Liang, Gengfeng Li, Han Gao, Xiaohan Wu, Muqing Yang, Chunqiu Chen, Liang Chen, Wei Wu, Zhong Li, Yingzi Cong, Ruixin Zhu*, Tiannan Guo*, Zhanju Liu*. (2023). Integrative multi-omics deciphers the spatial characteristics of host-gut microbiota interactions in Crohn’s disease. Cell Reports Medicine, 4(6), 101050. DOI: https://doi.org/10.1016/j.xcrm.2023.101050.}

^{5. Dingfeng Wu#, Lei Liu#, Na Jiao#, Yida Zhang, Li Yang, Chuan Tian, Ping Lan, Lixin Zhu*, Rohit Loomba*, and Ruixin Zhu*. (2022). Targeting Keystone Species Helps Restore the Dysbiosis of Butyrate‐Producing Bacteria in Nonalcoholic Fatty Liver Disease. iMeta, e61. https://doi.org/10.1002/imt2.61.}

^{6. Ning-Ning Liu #, Na Jiao #, Jing-Cong Tan #, Ziliang Wang #, Dingfeng Wu, An-Jun Wang, Jie Chen, Liwen Tao, Chenfen Zhou, Wenjie Fang, Io Hong Cheong, Weihua Pan, Wanqing Liao, Zisis Kozlakidis, Christopher Heeschen, Geromy G. Moore, Lixin Zhu *, Xingdong Chen *, Guoqing Zhang *, Ruixin Zhu*, Hui Wang *. (2022). Multi-kingdom microbiota analyses identify bacterial-fungal interactions and biomarkers of colorectal cancer across cohorts. Nature Microbiology, 7:238–250. DOI: https://doi.org/10.1038/s41564-021-01030-7. ESI高被引论文}

^{7. Yuanqi Wu #, Na Jiao #, Ruixin Zhu *, Yida Zhang, Dingfeng Wu, An-Jun Wang, Sa Fang, Liwen Tao, Yichen Li, Sijing Cheng, Xiaosheng He,Ping Lan, Chuan Tian *, Ning-Ning Liu *, Lixin Zhu *. (2021). Identification of microbial markers across populations in early detection of colorectal cancer. Nature Communications. DOI: https://doi.org/10.1038/s41467-021-23265-y. ESI高被引论文}

^{8.Dingfeng Wu #, Wenxing Gao #, Xiaoyi Li #, Chuan Tian, Na Jiao, Sa Fang, Jing Xiao, Zhifeng Xu, Lixin Zhu, Guoqing Zhang, Ruixin Zhu*. (2021). Dr AFC: drug repositioning through anti-fibrosis characteristic. Briefings in Bioinformatics. Volume 22, Issue 3, May 2021, bbaa115. DOI: https://doi.org/10.1093/bib/bbaa115.}

^{9.Lu Fan†,*, Dingfeng Wu†, Vadim Goremykin†, Jing Xiao, Yanbing Xu, Sriram Garg, Chuanlun Zhang, William F. Martin*, Ruixin Zhu*. (2020). Phylogenetic analyses with systematic taxon sampling show that mitochondria branch within Alphaproteobacteria. Nature Ecology & Evolution, DOI: https://doi.org/10.1038/s41559-020-1239-x.} 

^{10. Na Jiao†, Susan S Baker*, Adrian Chapa-Rodriguez, Wensheng Liu, Colleen A Nugent, Maria Tsompana, Lucy Mastrandrea, Michael J Buck, Robert D Baker, Robert J Genco, Ruixin Zhu*, Lixin Zhu*. (2018). Suppressed hepatic bile acid signalling despite elevated production of primary and secondary bile acids in NAFLD.Gut. 67(10):1881-1891. ESI高被引论文}

已授权发明专利

1. “克罗恩病生物标志物、试剂盒及生物标志物的筛选方法”(专利号：ZL202210137717.5)，朱瑞新、高升

2. “结直肠腺瘤生物标志物、试剂盒及生物标志物的筛选方法”(专利号：ZL202210011544.2)，朱瑞新、高文星

软件著作权

1. “非酒精性脂肪肝病药物知识库系统 V1.0” (登记号： 2023SR1522072) 朱瑞新，徐挺军

2. “非酒精性脂肪肝病药物智能研发平台 V1.0”(登记号：2023SR1522073) 朱瑞新，徐挺军

3. “基于系统发育树进行的两步法物种注释软件[简称：TESLA] V1.0”(登记号：2024SR0400643) 朱瑞新，郑裕龙

主编教材

《计算机辅助药物设计：基本方法原理概要与实践详解》

朱瑞新编著，大连理工大学出版社，2011年，ISBN 978-7-5611-6104-3。

（国内“计算机辅助药物设计”第一本本科生专业教材，

获同济大学首届本科生优秀教材奖）

教学情况

1.2020-, 宏基因组学(生命科学、医学、药学、地球科学和环境科学等专业)

2.2015-2017，计算基因组学(生物信息专业) 

3.2014-2015，生物信息学II(拔尖班)

4.2011-2014，生物信息学实验(生物技术专业)

5.2010-，课程设计(生物信息专业)

6.2009-，计算机辅助药物设计(生物信息专业)

获得荣誉

1.2024年，上海市东方英才计划拔尖项目（教育平台）。

2.2024年，同济大学优秀博士学位论文指导教师。

3.2023年，同济大学生命科学与技术学院“年度考核优秀教师”。

4.2022年，入选《同济大学2021年国际合作论文100篇汇编》。

5.2021年，同济大学优秀硕士学位论文指导教师。

6.2019年，同济大学优秀博士学位论文指导教师。

7.2019年，同济大学“优秀毕业设计指导教师”(生物信息专业唯一名额，再次蝉联)。

8.2018年，同济大学“优秀毕业设计指导教师”(生物信息专业唯一名额，再次蝉联)。

9.2017年，同济大学生命科学与技术学院“年度考核优秀科研工作者”。

10.2017年，同济大学“优秀毕业设计指导教师”(生物信息专业唯一名额，再次蝉联)。

11.2016年，同济大学“优秀本科生教材二等奖”。

12.2016年，同济大学“优秀毕业设计指导教师”(生物信息专业唯一名额，蝉联)。

13.2015年，同济大学生命科学与技术学院“先进工作者”。

14.2015年，同济大学生命科学与技术学院“年度考核优秀教师”。

15.2015年，同济大学年度考核被评为“校优”(排名第一)。

16.2015年，同济大学“优秀毕业设计指导教师” (生物信息专业唯一名额)。

17.2012年，同济大学“教学奖二等奖”。

18.2012年，同济大学“优秀青年教师优青计划” (英才计划)。

19.2012年，同济大学生命科学与技术学院首届“教学贡献奖二等奖”。

20.2010年，首届同济大学“优秀青年教师培育计划” (英才计划)。