重点研发计划与973首席

杨鹏

发布时间:2019-05-08  

    姓        名:杨鹏

学         位:博士

导师情况:博士生导师

研究领域:发育与功能基因组学

研究方向:
       早期胚胎发育中细胞全能性的建立始于母源物质的消除及合子基因组的激活(Zygotic Genome Activation, ZGA)。逆转座子作为合子中最早激活、比例最大的转录本,在 ZGA 完成后以异染色质化方式被迅速失活,以保证细胞完成全能性向多能性的转变及胚胎基因组的稳定。之前研究认为,锌指蛋白在逆转座子的转录调控中发挥重要作用。然而,作为哺乳动物中数目最大、进化速度最快的转录因子家族,锌指蛋白在上述过程中的靶向调控位点、异染色质高级结构建立方式和生物学功能仍知之甚少。
       占据人类基因组40%序列的逆转座子在过去很长时间内一直被认为是基因组中的“垃圾序列”(Junk DNA)。然而最近的研究发现,这些来源于逆转录病毒的逆转座子不仅是基因组的重要组分,还可以通过不同方式对基因组产生重要影响。并且,在长期进化过程中,其与宿主基因组中的锌指蛋白形成了快速的共进化关系,通过一系列大分子复合物精密调控其中的相互作用。然而逆转座子如何被转录调控的分子机理,以及不同锌指蛋白的生物学功能一直比较模糊。为深入解析上述生物学过程中的分子机理,本课题组将目光锁定在以下几个方向:
1.锌指蛋白下游逆转座子靶向作用序列,及相互作用锌指蛋白间的调控网络 
2.锌指蛋白与印迹基因在胚胎发育中的相互作用关系及分子调控机制
3.锌指蛋白与 CTCF 协同作用对染色质三维结构的影响

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联系电话:021-65981189

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实验室网址:http://yang-lab.tongji.edu.cn

个人简介:
      2006年本科毕业于南京大学,2011年博士毕业于北京大学/北京生命科学研究所,之后在霍华德·休斯医学研究所(HHMI)、美国国立卫生研究院(NIH)从事博士后研究,2017年加入同济大学,现任同济大学生命科学与技术学院教授。国家青年特聘教授人才计划入选者,国家重点研发干细胞及转化研究重点专项青年首席科学家。长期从事早期胚胎/胎盘发育异常及胚胎干细胞多能性的表观遗传机理研究。首次发现了锌指蛋白介导的异染色质化修饰在胎儿及胎盘发育中的重要作用,并阐明其相互作用的分子机理。相关论文以第一/共同第一作者身份发表在Science、Cell、Trends in Genetics、 Stem Cells等国际权威期刊,并得到了科技部国家重点研发计划,国家自然科学基金和上海市科委青年科技启明星人才计划等项目的支持。

发表文章

1.Patel A*, Yang P*, Tinkham M, Sun M, Wang Y, Hoang D, Wolf G, Horton J, Zhang X, Macfarlan TS, Cheng X. DNA conformation induces adaptable binding by tandem zinc finger proteins. Cell 2018;173(1): 221-233 (*Equal Contribution)
2.Yang P, Wang Y, Hoang D, Tinkham M, Patel A, Sun M, Wolf G, Baker M, Lai N, Cheng X, Shen J, Macfarlan T. A placental growth factor is silenced in mouse embryos by the zinc finger protein ZFP568. Science 2017;356(6339): 757-759. 
3.Yang P, Wang Y, Macfarlan T. The role of KRAB-ZFPs in retrotransposon repression and mammalian evolution. Trends in Genetics. 2017;33(11):871-881 
4.Yang P, Wang Y, Chen J, Li H, Kang L, Zhang Y, Chen S, Zhu B, Gao S. Rcor2 is a Subunit of the LSD1 Complex that Regulates ES Cell Property and Substitutes for Sox2 in Reprogramming Somatic Cells to Pluripotency. Stem Cells 2011; 29(5):791-801. 
5.Wang Y, Wu Q, Yang P, Wang C, Liu J, Ding W, Liu W, Bai Y, Yang Y, Wang H, Gao S, Wang X. LSD1 co-repressor Rcor2 orchestrates neurogenesis in the developing mouse brain. Nat Commun. 2016;7:10481 
6.Wolf G, Yang P, Füchtbauer A, Füchtbauer E, Silva A, Park C, Wu W, Nielsen A, Pedersen F, Macfarlan TS. The KRAB zinc finger protein ZFP809 is required to initiate epigenetic silencing of endogenous retroviruses. Genes & Dev. 2015;29(5):538-54. 
7.Yang P, Wu W, Macfarlan TS. Maternal histone variants and their chaperones promote paternal genome activation and boost somatic cell reprogramming. Bioessays. 2015;37(1):52-9.
8.Zhu X, Wang F, Zhao Y, Yang P, Chen J, Sun H, Liu L, Li W, Pan L, Guo Y, Kou Z, Zhang Y, Zhou C, He J, Zhang X, Li J, Han W, Li J, Liu G, Gao S, Yang Z. A gain-of-function mutation in Tnni2 impeded bone development through increasing Hif3a expression in DA2B mice. PLoS Genetics. 2014;10(10):e1004589.
9.Jia G, Wang W, Li H, Mao Z, Cai G, Sun J, Wu H, Xu M, Yang P, Yuan W, Chen S, Zhu B. A systematic evaluation of the compatibility of histones containing methyl-lysine analogues with biochemical reactions. Cell Res. 2009; 19: 1217-1220.

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