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王海芸
来源:  作者:  发表时间:2011-11-26  阅读次数:13441次

 

姓         名:王海芸

学         位:博士

导师情况:硕士生导师

研究领域:生物信息学

研究方向:1、肿瘤转移过程中的主要调控因子研究
2、利用模式生物研究生物机体的衰老进程
3、肿瘤异质性与癌症用药的耐药性机制及合并用药研究

     E-mailwanghaiyun@tongji.edu.cn

联系电话:021-65980233

通讯地址:上海市四平路1239号同济大学生命科学与技术学院生物信息学系

 

个人简介:

王海芸,同济大学生命科学与技术学院副教授,同济大学转化医学中心副研究员,硕士生导师。1998年毕业于中南大学湘雅医学院;2009年获得同济大学博士学位。2012-2014年美国哈佛大学Dana-Farber癌症研究所访问学者。

研究内容:

主要运用高通量的多组学数据,以及合作医院和实验室的数据,紧密结合临床上关于肿瘤个性化诊断治疗、肿瘤转移研究的现状,通过生物信息学大规模数据整合的分析方法锚定关键分子,为后期的实验验证提供方向。同时,我们也在进行利用模式生物研究传统中药的抗衰老机制。欢迎对这方面感兴趣的本科生和研究生加入我们的研究!

 

专业业绩(承担项目、发表论文、教学成果):

承担项目:

1.运用比较基因组学基于基因关系传递模式研究基因表达调控的进化机制,国家自然科学基金,主持,经费28万。

2.药物对动植物细胞作用机理研究,横向项目,主持,经费50万。

3.miRNA在心脏和血管发育过程中的调控作用,973重大专项,参与,经费35万。

4.肾虚证的代谢网络和数学模型研究,国家自然科学基金,参与,项目组第二合作者。

5.人类复杂疾病基因表达谱特征基因识别技术,国家自然科学基金,参与。

 

发表论文:

1. Xiaoqi Zheng, Qian Zhao, Hua-Jun Wu, Wei Li, Haiyun Wang, Clifford A Meyer, Qian Alvin Qin, Han Xu, Chongzhi Zang, Peng Jiang, Fuqiang Li, Yong Hou, Jianxing He, Jun Wang, Jun Wang, Peng Zhang, Yong Zhang and Xiaole Shirley Liu. MethylPurify: tumor purity deconvolution and differential methylation detection from single tumor DNA methylomes. Genome Biology. 2014, 15(8):419.

2. Haiyun Wang (corresponding author), Clifford A Meyer, Teng Fei, Gang Wang, Fan Zhang, X Shirley Liu. A systematic approach identifies FOXA1 as a key factor in the loss of epithelial traits during the epithelial-to-mesenchymal transition in lung cancer. BMC Genomics. 2013, 14: 680.

3. Min Ding, Haiyun Wang, Jiajia Chen, Bairong Shen, Zhonghua Xu. Identification and Functional Annotation of Genome-Wide ER-Regulated Genes in Breast Cancer Based on ChIP-Seq Data. Comput Math Methods Med. 2012, 2012: 568950.

4. Haiyun Wang (corresponding author), Qi Wang, Bairong Shen and Xia Li. Systematic investigation of global coordination among mRNA and protein in cellular society. BMC Genomics. 2010, 11:364.

5. Ganqiang Liu, Min Ding, Haiyun Wang, Jinyan Huang, Qing Jing and Bairong Shen. Pathway analysis of microRNAs in mouse heart development. Int.J.Bioinformatics Research and Applications. 2010,6:12-19.

6. Haiyun Wang (corresponding author), Qi Wang, Xia Li, Bairong Shen, Min Ding and Ziyin Shen. Towards patterns tree of gene coexpression in eukaryotic species. Bioinformatics,2008,24(11):1367-1373.

7. Yueying Yang, Haiyun Wang(co-first author), Xia Li, Xue Xiao, Su Fei, Chuanxing Li, Hongzhi Wang, Shaoqi Rao and Yadong Wang. A feature ensemble technology to identify molecular mechanisms for distinction between multiple subtypes of lymphoma. Progress in Natural Science,2008,18(12):1491-1500.

8. Zheng Guo,Tianwen zhang, Xia Li,Qi Wang,Jianzhen Xu, Hui Yu,Jing Zhu, Haiyun Wang,Chenguang,Eric J Topol,Qing Wang and Shaoqi Rao. Towards precise classification of cancers based on robust gene function expression profiles. BMC bioinformatics.2005;6(1):58-65.

9. Haiyun Wang, Qingpu Zhang, Yadong Wang, Xia Li,Shaoqi Rao,Zuquan Ding, A Novel Feature Ensemble Technology to Improve Prediction Performance of Multiple Heterogeneous Phenotypes Based on Microarray data,In the proceedings of International Conference on Fuzzy Systems and Knowledge Discovery (FSKD05), Chansha, China, August 2005.  LNAI 3614. (Lecture Notes in Artificial Intelligent),  Springer-Verlag.  PP.869-879.

 

教材编写:

1.全国高等学校临床医学专业长学制卫生部规划教材《生物信息学》第七章《基因芯片数据分析》(人民卫生出版社,供8年制及7年制用)

2.生物信息学基础《概率论与信息论基础》编委(哈尔滨出版社)

 

教学成果:

1.同济大学教学成果一等奖:生命科学与技术创新人才培养模式的探索与实践

2.2007-2008学年度同济大学第二期大学生创新实践训练计划(SITP)二等奖

3.同济大学2007毕业设计(论文)优秀指导教师

 

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