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江赐忠
来源:  作者:  发表时间:2011-11-25  阅读次数:22437次

 

姓        名: 江赐忠

学         位:博士

导师情况:博士生导师

研究领域:生物信息学,基因组学,表观遗传组学

研究方向:(1) 核小体重排和染色质结构变化对果蝇胚胎发育的影响
                      (2) 核小体排列分布及其在基因调控中的作用
                      (3) 组蛋白修饰在核小体重排中的作用机理
                      (4) 核小体定位序列的识别,DNA序列变化对染色质结构的影响
                      (5) 分子进化学
                      详见实验室主页

      E-mailczjiang@tongji.edu.cn

联系电话:021-6598-1193

通讯地址:上海市四平路1239号,同济大学生命科学与技术学院(200092)

个人简介:

    1995 年毕业于天津南开大学,获学士学位。1998年毕业于天津南开大学,获硕士学位。2004年毕业于美国爱荷华州州立大学,获遗传学博士学位,并辅修生物信 息学和计算机科学。毕业后先后在美国冷泉港实验室、弗吉尼亚联邦大学、宾夕法尼亚州州立大学进行博士后研究。2009年应聘为同济大学特聘教授。

研究领域:

一、组蛋白修饰、核小体重排和染色质重塑在胚胎发育过程中的表观遗传调控机制

    核小体是高等真核生物染色质的基本结构单位,通过控制各种蛋白因子对DNA的接触从而调节DNA的复制、修复、转录和重组。组蛋白修饰和染色质重塑因子 会影响核小体的定位,改变染色质结构,从而调控基因的转录表达。组蛋白修饰、核小体重排和染色质重塑是主要的表观遗传机制。这些机制通过调控基因转录表 达,影响细胞分化和功能特化,在维持胚胎的正常发育中具有不可或缺的作用。以果蝇为模型生物,利用高通量测序技术,绘制高分辨率全基因组核小体图谱,研究 果蝇胚胎发育过程中核小体定位和染色质结构的变化规律,以及二者对维护胚胎正常发育的作用。类似地可以绘制出特定组蛋白修饰的位点,通过这些位点和核小体 位置的关联分析,以期阐述组蛋白修饰在核小体重排中的作用机理。这些研究将对深入理解组蛋白修饰、核小体重排和染色质重塑在胚胎发育和细胞分化的重要作 用,理解和预防发育异常相关疾病有重大意义。

二、核小体定位的模型研究

    体内组装好的核小体就像"用线串起来的珠子"(beads-on-a-string)。在组装时,核小体对DNA序列有偏好吗?即,核小体是否更倾向于定 位到某些特定的DNA序列上呢?核小体在整个基因组内的分布排列的机理是什么?目前还没有一个很好的模型来解释。通过鉴定核小体定位偏好DNA序列(即 NPS, nucleosome positionging sequence),探索核小体的分布排列规律,提出模型来解释核小体的定位机理。这项研究将为深入理解核小体在基因转录调控中的作用有重要意义。

三、与癌症关联的基因调控网络间的交叉相互作用(crosstalk)

    随着测序数据和实验数据指数级的膨胀和积累,分子进化的许多研究已经成为可能。在过去的研究中,我们已收集了与癌症相关的36个转录因子家族及其目标基 因。这些因子与目标基因间形成复杂的调控网络。然而调控网络间的交叉相互作用(crosstalk)的机制却不清楚。利用生物信息学的手段,阐明这一机制 将促进对癌症途径中基因调控网络复杂性的深入了解,揭示出基因间的相互作用的机理,为相应设计药物来阻断目标基因间的相互作用,从而封阻某一特定途径,达 到治疗癌症的功效。这在抗癌药物的研发上有重要意义。另外,这套方法还能应用于植物或动物中其它信号传导亚网络中的类似研究。

四、其它

    由于生物信息学和基因组学的灵活性,欢迎任何有科学意义、当前技术条件下可行、能解决一定生物问题的的自选课题。

代表文章(Selected Publications)

1. Jiang, C and Pugh BF. (2009) A compiled and systematic reference map of nucleosome positions across the Saccharomyces genome. Genome Biology, 10:R109

2. Koerber RT, Rhee HS, Jiang C, Pugh BF. (2009) Interaction of transcriptional regulators with specific nucleosomes across the Saccharomyces genome. Mol Cell. 35(6):889-902

3. Jiang, C and Pugh BF. (2009) Nucleosome positioning and gene regulation: advances through genomics. Nature Reviews Genetics, 10(3):161-72 Cover Story

4. Mavrich TN, Jiang C (Co-first author), Ioshikhes IP, Li X, Venters BJ, Zanton SJ, Tomsho LP, Qi J, Glaser RL, Schuster SC, Gilmour DS, Albert I, Pugh BF. (2008) Nucleosome organization in the Drosophila genome. Nature, 453(7193):358-62 Article

5. Mavrich, TN, Ioshikhes, IP, Venters, BJ, Jiang, C, Tomsho, LP, Qi, J, Schuster, SC, Albert, I, and Pugh, BF (2008) A barrier nucleosome model for statistical positioning of nucleosomes throughout the yeast genome. Genome Research, 18(7):1073-83

6. Albert I, Wachi S, Jiang C, Pugh BF. (2008) GeneTrack - a genomic data processing and visualization framework. Bioinformatics. 24(10):1305-6

7. Lee C, Li X, Hechmer A, Eisen M, Biggin MD, Venters BJ, Jiang C, Li J, Pugh BF, Gilmour DS. (2008) NELF and GAGA factor are linked to promoter proximal pausing at many genes in Drosophila. Mol Cell Biol. 28(10):3290-300

8. Kuo PH, Kalsi G, Prescott CA, Hodgkinson CA, Goldman D, van den Oord EJ, Alexander J, Jiang C, Sullivan PF, Patterson DG, Walsh D, Kendler KS, Riley BP. (2008) Association of ADH and ALDH Genes with Alcohol Dependence in the Irish Affected Sib Pair Study of Alcohol Dependence (IASPSAD) Sample. Alcoholism: Clinical and Experimental Research. 32(5):785-95

9. Zhao, Z and Jiang, C (2007) Methylation-Dependent Transition Rates Are Dependent on Local Sequence Lengths and Genomic Regions. Mol Biol Evol., 24(1):23-5

10. Jiang, C, Han, L, Su, B, Li, WH and Zhao, Z (2007) Features and Trend of Loss of Promoter-Associated CpG Islands in the Human and Mouse Genomes. Mol Biol Evol. 24(9):1991-2000

11. Jiang, C, Xuan, Z, Zhao, F, and Zhang, MQ (2007) TRED: a Transcriptional Regulatory Element Database, new entries and other development. Nucleic Acids Res., 35: D137-D140

12. Seo, D, Jiang, C and Zhao, Z (2006) A novel statistical method to estimate the effective SNP size in vertebrate genomes and categorized genomic regions. BMC Genomics, 7(1):329

13. Boddu, J, Jiang, C, Sangar, V, Olson, T, Peterson, T, and Chopra, S (2006) Comparative structural and functional characterization of sorghum and maize duplications containing orthologous Myb transcription regulators of 3-deoxyflavonoid biosynthesis. Plant Molecular Biology, 60(2):185-99

14. Jiang, C and Zhao, Z (2006) Directionality of point mutation and 5-methylcytosine deamination rates in the chimpanzee genome. BMC Genomics, 7(1):316

15. Jiang, C and Zhao, Z (2006) Mutational spectrum in the recent human genome inferred by single nucleotide polymorphisms. Genomics, 88(5):527-34

16. Jiang, C, Gu, X, and Peterson, T (2004) Identification of conserved gene structures and carboxy-terminal motifs in the Myb gene family of Arabidopsis and Oryza sativa L. ssp. indica. Genome Biology, 5(7): R46

17. Jiang, C, Gu, J, Chopra , S, Gu, X, and Peterson, T (2004) Ordered Origin of the Typical Two- and Three-Repeat Myb Genes. Gene, 326: 13-22

18. Jiang, C, Song, WQ, Li, XL, and Chen, RY (1998) Studies on microdissection and microcloning of the rye chromosome 1R. Acta Botanica Sinica, 40(11): 988-993

 

 

 

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