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曹志伟
来源:  作者:  发表时间:2011-11-25  阅读次数:40461次

姓        名:曹志伟

学       位:博士

导师情况:博士生导师

研究领域:生物信息学,计算生物学

研究方向:1、药物多成分协同作用;
                     2、免疫表位预测,抗原性距离和抗体设计;

联系电话:65980296   

通讯地址:上海市四平路1239号医学楼1013室,同济大学生命科学与技术学院(200092)

Email:zwcao@tongji.edu.cn

个人简介

       曹志伟,女,中共党员,博士,本科毕业于南开大学,硕士毕业于南京大学,博士毕业于新加坡国立大学。同济大学生命科学与技术学院教授,兼上海生物信息技术研究中心功能基因课题组组长。任中华中医药学会中医药信息分会副主任,上海生物信息学会理事。主要发展生物信息学新方法,研究药物多组分协同用药机制和免疫特异识别规律,以应用于临床疾病预防与治疗。已承担多项973、863和自然科学基金资助的国家项目以及上海市项目十余项,获得发明专利2项。在国内外学术刊物和国际会议上共发表SCI文章80余篇,他引1800余次。先后获得上海市曙光学者,浦江人才,科技启明星,和教育部新世纪优秀人才计划 支持,并获得上海市新长征突击手表彰。

开设教学课程:

   生物信息学概论,计算机辅助药物设计

目前进行课题:

973: 基于生物信息学的抗原抗体分子识别与系统模拟
科技部新药创制:病毒性肝炎证候生物学基础研究平台的建立
科技部攻关计划:人肝脏蛋白质组生物信息学研究
教育部新世纪创新人才项目

自然科学基金面上项目(流感病毒蛋白突变预测方面,2011-2015)
上海市教委: 科研创新项目与曙光学者项目等

 

已完成课题:

973:抗体结构功能的生物信息学研究
863:中药作用机理的生物信息学分析策略与相应系统构建
863:人肝脏蛋白质组生物信息学研究
自然基金面上: IgG抗体成熟模式的生物信息学研究

 

主要研究方向包括中药/植药信息学免疫信息学等:

       在中药/植药信息学方面,紧扣中医药现代化特色, 率先把计算机辅助药物设计方法引入中药机理研究,先后建成了4大系列独特的数据库(中药成分及含量数据库、中药活性成分靶点数据库、中药活性成分体内代谢数据库和蛋白和疾病关系数据库),利用计算生物学模拟配对,研制了一整套的“多成分、多靶点”的中药机理预测模拟系统,国内外中药专家也对该中药机理模拟系统给予了很高的评价. 该平台已经为上海中药现代化研究中心,上海中医药大学,第二军医大学药学院,中科院药物所,上海芯片中心,曙光医院等数家中医药研发中心的几十个中药单体和多味简单复方做了计算分析,获得上海市科委及863项目资助。

     在免疫信息学方面,围绕抗体抗原分子识别的关键问题,发展大量计算方法,研究抗体抗原识别规律,并建立了相应的计算平台,提供网上免费服务。其中蛋白抗原空间表位预测方法SEPPA (SEPPA1 and SEPPA2 http://lifecenter.sgst.cn/seppa/ )的预测精度在国际同类工具中名列前茅,被收录到全球网络计算资源专刊这个方向得到了973项目和国家自然基金面上项目的持续支持。

 

近年代表文章:

1.Sun Y, Sheng Z, Ma C, Tang K, Zhu R, Wu Z, Shen R, Feng J, Wu D, Huang D, Huang D, Fei J, Liu Q, Cao Z*, Combining genomic and network characteristics for extended capability in predicting synergistic drugs for cancer, Nature Communications, 2015, Sep 28;6:8481. doi: 10.1038/ncomms9481.
2.Qi Tao, Qiu T, Zhang Q, Tang K, Fan Y, Qiu J, Wu D, Zhang W, Chen Y, Gao J, Zhu R, Cao ZW.*  SEPPA 2.0--more refined server to predict spatial epitope considering species of immune host and subcellular localization of protein antigen. Nucleic Acids Res. 2014 Jul;42(Web Server issue):W59-63. doi: 10.1093/nar/gku395. Epub 2014 May 16.
3.Sun Y, Zhu R, Ye H, Tang K, Zhao J, Chen Y, Liu Q, Cao Z*. Towards a bioinformatics analysis of anti-Alzheimer's herbal medicines from a target network perspective. Brief Bioinform. 2013 May;14(3):327-43.
4.Hao Ye, Li Ye,Hong Kang,Duanfeng Zhang,Lin Tao,Kailin Tang, Xueping Liu,Ruixin Zhu,Qi Liu, Y. Z. Chen, Yixue Li and Zhiwei Cao*, HIT: linking herbal active ingredients to targets,  Nucl. Acids Res. 2011 Jan;39:D1055-9.
5.Sun J, Wu D, Xu T, Wang X, Xu X, Tao L, Li YX, Cao ZW*. SEPPA: a computational server for spatial epitope prediction of protein antigens. Nucleic Acids Res. 2009 Jul 1;37(Web Server issue):W612-6. Epub 2009 May 22.
6.J. Jia, F. Zhu, X.H. Ma, Z.W. Cao, Y.X. Li and Y.Z. Chen, Mechanisms of drug combinations from interaction and network perspectives. Nat. Rev. Drug Discov., 2009 Feb;8(2):111-28.

 

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