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张 勇
来源:  作者:  发表时间:2011-11-25  阅读次数:35048次

 

姓        名:张勇

学         位:博士

导师情况:博士生导师

研究领域:生物信息学和表观遗传组学

研究方向:生物信息学和表观遗传组学

    E-mail:  yzhang@tongji.edu.cn

联系电话:021-65981196

通讯地址:上海市四平路1239号,同济大学生命科学与技术学院(200092)

个人简介

        2001年毕业于北京大学地球物理系,获学士学位。2006年毕业于中国科学院生物物理研究所,获得博士学位。2006-2009年,在美国哈佛大学和Dana-Farber癌症研究所从事博士后研究。自2009年起被聘为同济大学生命科学与技术学院教授,研究方向是针对高通量生物学数据,以发展生物信息学方法为核心,从核小体定位、组蛋白修饰、DNA甲基化等不同表观遗传层面,研究胚胎发育及干细胞分化中的表观遗传预编程机制。主要研究成果可以归纳成为三个方面:开发了包括MACS方法(被引用超过2300次)在内的一系列高通量生物学数据分析方法;揭示了脊椎动物在胚胎发育早期的表观遗传组建立过程及其与基因转录激活的关联;揭示了胚胎干细胞的表观遗传调控新机制。

 
        主持多项基金委、科技部和上海市科研项目。在国内外学术期刊上发表论文六十余篇,文章总计被引用超过5500次,其中作为通讯作者在Nature, Genome Research, Genome Biology, Cell Research, Nature Protocols, Nucleic Acids Research, Bioinformatics等期刊发表论文20余篇。先后获得上海市科技启明星计划(2009年)、教育部新世纪优秀人才支持计划(2011年)、上海市科技“启明星”计划(跟踪)(2013年)、国家自然科学基金委优秀青年科学基金项目(2013年)、中组部“青年拔尖人才”(2015年)、中国干细胞学会“干细胞青年研究员奖”(2016年)、上海市优秀学科带头人(2017年)。目前担任Genome Biology期刊编辑委员会成员、中国细胞生物学学会功能基因组学与系统生物学分会委员、中国遗传学会青年委员会委员、中国生物工程学会计算生物学与生物信息学专业委员会委员、中国细胞生物学学会染色质生物学分会委员。
 
 

代表性论文(按年份降序排列)

  1. Liu X, Wang C, Liu W, Li J, Li C, Kou X, Chen J, Zhao Y, Gao H, Wang H, Zhang Y$, Gao Y$, Gao S$. Distinct features of H3K4me3 and H3K27me3 chromatin domains in pre-implantation embryos. Nature 2016; 537:558-62. 
  2. Huo X, Hu S, Zhao C, Zhang Y$. Dr.seq: a quality control and analysis pipeline for droplet sequencing. Bioinformatics 2016; 32: 2221-3.
  3. Zhou C, Yang X, Sun Y, Yu H, Zhang Y$, Jin Y$. Comprehensive profiling reveals mechanisms of SOX2-mediated cell fate specification in human ESCs and NPCs. Cell Res 2016; 26:171-89.
  4. Liu W, Liu X, Wang C, Gao Y$, Gao R, Kou X, Zhao Y, Li J, Wu Y, Xiu W, Wang S, Yin J, Liu W, Cai T, Wang H, Zhang Y$, Gao S$. Identification of key factors conquering developmental arrest of somatic cell cloned embryos by combining embryo biopsy and single-cell sequencing. Cell Discov 2016; 2:16010.
  5. Fei Q, Yang X, Jiang H, Wang Q, Yu Y, Yu Y, Yi W, Zhou S, Chen T, Lu C, Atadja P, Liu XS, Li E, Zhang Y$, Shou J$. SETDB1 modulates PRC2 activity at developmental genes independent of H3K9 trimethylation in mouse ES cells. Genome Res 2015; 25:1325-35.
  6. Zhang Y$, Vastenhouw NL$, Feng J, Fu K, Wang C, Ge Y, Pauli A, van Hummelen P, Schier AF$, Liu XS$. Canonical nucleosome organization at promoters forms during genome activation. Genome Res 2014; 24:260-6. (Cover story)
  7. Wang Q, Huang J, Sun H, Liu J, Wang J, Wang Q, Qin Q, Mei S, Zhao C, Yang X, Liu XS$, Zhang Y$. CR Cistrome: a ChIP-Seq database for chromatin regulators and histone modification linkages in human and mouse. Nucleic Acids Res 2014; 42:D450-8. 
  8. Zheng X, Zhao Q, Wu HJ, Li W, Wang H, Meyer CA, Qin QA, Xu H, Zang C, Jiang P, Li F, Hou Y, He J, Wang J, Wang J, Zhang P$, Zhang Y$, Liu XS$. MethylPurify: tumor purity deconvolution and differential methylation detection from single tumor DNA methylomes. Genome Biol 2014; 15:419.
  9. Wang S, Sun Hanfei, Ma J, Zang C, Wang C, Wang J, Tang Q, Meyer CA, Zhang Y$, Liu XS$. Target analysis by integration of transcriptome and ChIP-seq data with BETA. Nat Protoc 2013; 8:2502-15.
  10. Tian R, Feng J, Cai X, Zhang Y$. Local chromatin dynamics of transcription factors imply cell lineage-specific functions during cellular differentiation. Epigenetics 2012; 7(1):55-62.
  11. Liu L, Zhang Y, Feng J, Zheng N, Yin J, Zhang Y$. GeSICA: genome segmentation from intra-chromosomal associations. BMC Genomics 2012; 13:164. 
  12. Fu K, Tang Q, Feng J, Liu XS, Zhang Y$. DiNuP: a systematic approach to identify regions of differential nucleosome positioning. Bioinformatics 2012; 28:1965-71.
  13. Feng J, Meyer CA, Wang Q, Liu JS, Liu XS$, Zhang Y$. GFOLD: a generalized fold change for ranking differentially ex-pressed genes from RNA-seq data. Bioinformatics 2012; 28:2782-8.
  14. Feng J, Liu T, Qin Bo, Zhang Y$, Liu XS$. Identifying ChIP-seq enrichment using MACS. Nat Protoc 2012; 7:1728-40.
  15. Qin B, Zhou M, Ge Y, Taing L, Liu T, Wang Q, Wang S, Chen J, Shen L, Duan X, Hu S, Li W, Long H, Zhang Y$, Liu XS$. CistromeMap: A knowledgebase and web server for ChIP-Seq and DNase-Seq studies in mouse and human. Bioinformatics 2012; 28:1411-2.
  16. Zhao Q, Zhang Y$. Epigenome sequencing comes of age in development, differentiation and diseases mechanism research. Epigenomics 2011; 3:207-20.
  17. Vastenhouw NL*, Zhang Y*, Woods IG, Imam F, Regev A, X. Liu XS, Rinn J, Schier A. Chromatin signature of embryonic pluripotency is established during zygotic genome activation. Nature 2010;464:922-6.
  18. Zhang Y, Moqtaderi Z, Rattner B, Euskirchen G, Snyder M, Kadonaga JT, Liu XS, Struhl K. Intrinsic histone-DNA interactions are not the major determinant of nucleosome positions in vivo. Nat Struct Mol Biol 2009; 16:847-52.
  19. Zhang Y*, Liu T*, Meyer CA, Eeckhoute J, Johnson DJ, Myers RM, Bernstein BE, Nussbaum C, Brown M, Li W, Liu XS. Model-based analysis of ChIP-Seq (MACS). Genome Biol 2008; 9:R137.
  20. Zhang Y*, Shin H*, Song JS, Lei Y, Liu XS. Identifying positioned nucleosomes with epigenetic marks in human from ChIP-Seq. BMC Genomics 2008; 9:537.  

 

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