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杨鹏
来源:  作者:  发表时间:2017-09-05  阅读次数:1580次

姓        名:杨鹏

学         位:博士

导师情况:博士生导师

研究领域:发育生物学;干细胞生物学;表观遗传学

研究方向

        含有KRAB结构域的C2H2锌指蛋白(KRAB-ZFPs)家族是哺乳动物中已知最大的转录因子家族,在人和小鼠的基因组中约有300-400个基因,其主要由抑制性的KRAB结构域和一系列串联的C2H2锌指结构域组成。其中,锌指结构域可结合特定的DNA序列,而KRAB结构域可介导支架蛋白KAP1、组蛋白H3第9位赖氨酸(H3K9)甲基转移酶SETDB1、组蛋白H3K4去甲基化酶LSD1-NuRD蛋白复合物等抑制性蛋白的募集,从而形成异染色质相关结构并对转录起到抑制作用。在过去的十年中,该蛋白家族被认为主要在识别和保护零散地分布在哺乳动物基因组中的内源性逆转座子(retrotransposon)中发挥作用,并与转座子共同进化。我们最近的研究发现,锌指蛋白不仅可以调控这些转座因子,还在胚胎发育的过程中起重要作用。我们实验室将综合发育生物学、遗传学、进化生物学、分子生物学及生物化学等手段,研究KRAB锌指蛋白在高等哺乳动物中的功能及机制。

     E-mailpeng.yang@tongji.edu.cn

联系电话:021-65987363

通讯地址: 上海市四平路1239号,同济大学生命科学与技术学院(200092)

本课题组正在招聘助理教授,博士后和研究助理,待遇从优。欢迎广大博士生、硕士生、本科生报考及实习。

个人简介:

        2006年毕业于南京大学生命科学学院,获学士学位;2011年获得北京大学与北京生命科学研究所联合培养博士学位。博士后期间先后在美国霍华德·休斯医学研究所(HHMI)的Dr. Gail Mandel院士实验室和美国国立卫生研究院(NIH)的Dr. Todd Macfarlan实验室从事研究,主要研究方向为含有KRAB结构域的C2H2锌指蛋白(KRAB-ZFPs)和LSD1辅抑制子Rcor2等特定转录因子在胚胎发育及多能干细胞中的作用及机制研究。以第一作者在Science,Stem Cells,Trends in Genetics等国际期刊杂志发表多篇论文,其中在锌指蛋白ZFP568的功能及作用机制研究领域取得了一系列成就,首次证实KRAB-ZFPs可以在胎儿和胎盘发育中发挥至关重要的作用。
        2017年正式受聘于同济大学生命科学与技术学院,任特聘研究员,博士生导师。

 

研究成果:
1.KRAB-ZFPs转录调控的分子机理研究及其在小鼠胚胎发育中的影响。
(1)通过利用多种基因敲除小鼠模型及多种突变细胞系,发现锌指蛋白ZFP568在整个基因组水平专一性的调控胰岛素样生长因子Igf2基因的表达。首次证实KRAB-ZFPs可以在胎儿和胎盘发育中发挥至关重要的作用。针对于该项成果,Developmental Cell杂志邀请KRAB-ZFPs和逆转座子研究领域的专家Didier Trono博士进行了专栏点评。
(2)结合进化生物学和结构生物学手段,说明胎盘特异Igf2的转录活性在进化中是先于ZFP568退化的,也从另一角度证明了KRAB-ZFPs与其靶向基因之间存在着紧密的共进化(co-evolution)。
2.首次揭示Rcor2-LSD1蛋白复合体的分子机制及其在小鼠胚胎神经发生过程中的作用及机理。
 

代表性论文:

  1. Yang P, Wang Y, Hoang D, Tinkham M, Patel A, Sun M, Wolf G, Baker M, Lai N, Cheng X, Shen J, Macfarlan T. A placental growth factor is silenced in mouse embryos by the zinc finger protein ZFP568. Science 2017 May 19;356(6339): 757-759. (IF: 37.205)
  2. Yang P, Wang Y, Macfarlan T. The role of KRAB-ZFPs in retrotransposon repression and mammalian evolution. Trends in Genetics. Accepted (IF: 9.918)
  3. Wang Y, Wu Q, Yang P, Wang C, Liu J, Ding W, Liu W, Bai Y, Yang Y, Wang H, Gao S, Wang X. LSD1 co-repressor Rcor2 orchestrates neurogenesis in the developing mouse brain. Nat Commun. 2016;7:10481 (IF: 12.124)
  4. Wolf G, Yang P, Füchtbauer A, Füchtbauer E, Silva A, Park C, Wu W, Nielsen A, Pedersen F, Macfarlan TS. The KRAB zinc finger protein ZFP809 is required to initiate epigenetic silencing of endogenous retroviruses. Genes & Dev. 2015;29(5):538-54. (IF: 9.413)
  5. Yang P, Wu W, Macfarlan TS. Maternal histone variants and their chaperones promote paternal genome activation and boost somatic cell reprogramming. Bioessays. 2015;37(1):52-9. (IF: 4.441)
  6. Zhu X, Wang F, Zhao Y, Yang P, Chen J, Sun H, Liu L, Li W, Pan L, Guo Y, Kou Z, Zhang Y, Zhou C, He J, Zhang X, Li J, Han W, Li J, Liu G, Gao S, Yang Z. A gain-of-function mutation in Tnni2 impeded bone development through increasing Hif3a expression in DA2B mice. PLoS Genetics. 2014;10(10):e1004589. (IF: 6.100)
  7. Yang P, Wang Y, Chen J, Li H, Kang L, Zhang Y, Chen S, Zhu B, Gao S. Rcor2 is a Subunit of the LSD1 Complex that Regulates ES Cell Property and Substitutes for Sox2 in Reprogramming Somatic Cells to Pluripotency. Stem Cells 2011; 29(5):791-801. (IF: 5.709)
  8. Jia G, Wang W, Li H, Mao Z, Cai G, Sun J, Wu H, Xu M, Yang P, Yuan W, Chen S, Zhu B. A systematic evaluation of the compatibility of histones containing methyl-lysine analogues with biochemical reactions. Cell Res. 2009; 19: 1217-1220. (IF: 15.606)

 

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