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祝献民
来源:  作者:  发表时间:2017-04-11  阅读次数:1508次
祝献民 / Xianmin Zhu
同济大学,转化医学高等研究院    副研究员
上海杨浦区四平路1239号医学楼709室,200092
Tel: 13917353363
Email: xianminzhu@hotmail.com
 
教育背景
Drexel大学,美国费城      2007 
生物学专业博士               
毕业论文: Functional Analysis of the Chromatin Regulator Protein: TIP60
 
中科院上海生物工程研究中心,中国上海     2002
生物化学与分子生物学专业硕士
毕业论文: In vitro and in vivo Transfection and Expression of Plasmid-Based Non-Viral Vector for Erythropoietin Gene Therapy
 
华东师范大学,中国上海     1999
生物化学专业学士
 
工作经验
同济大学,转化医学高等研究院     2013 – 2016
建立基于CRISPR/Cas技术的转基因动物模型平台,
并利用单细胞测序技术平台研究干细胞和胚胎发育等的基因调控机制
        利用人胚胎干细胞(ESC)和诱导多能干细胞(iPSC)研究眼科和肝脏等疾病的致病机制,以及干细胞在相关领域的转化医学应用;综合运用遗传学、表观遗传学和生物信息学等方法,研究哺乳动物组织器官分化和发育过程中的基因调控机制。
 
美国国家心肺和血液研究所(NHLBI/NIH) Dr. Alan Michelson实验室   
利用机器学习的方法研究果蝇心脏相关增强子的功能         2011 – 2013
        通过输入24个已知和26个同源增强子及其转录因子结合位点(TFBS),建立和训练分类器,并以此预测了未知的心脏相关增强子以及增强子上的TFBS。初步结果表明8个预测的增强子中有3个在心脏细胞中存在特异性的表达。同时验证了Myb和Su(H)这两个重要转录因子的在心脏发育过程中的功能。证实增强子上的不同TFBS组合在心脏发育中的转录调控中起到了关键性的作用。
 
果蝇Forkhead转录因子对肌肉组织发育调控的研究 2009 – 2011
        确认Nidogen (Ndg) 基因增强子上的Forkhead (Fkh) 转录因子的结合位点。通过表型研究发现这些结合位点的突变能够引起Ndg在心肌、体肌和肠道肌肉等特定肌肉组织中表达的变化。综合运用生物化学、发育生物学、遗传学和生物信息学等多种实验手段,论证了不同Fkh转录因子在果蝇胚胎的肌肉发育过程中所起到的细胞/组织特异性功能。更为重要的研究成果是发现不同的Fkh转录因子能够利用Ndg增强子上完全相同的结合位点,对Ndg在不同肌肉组织的表达进行严格的时间上和空间上的调控。此项研究第一次深入的和系统的阐述了Fkh转录因子家族在肌肉组织发育过程中的基因调控机制。
 
验证心脏发育过程中的顺式调控元件的组合密码    2008 – 2009
        成功构建了细胞膜表达的绿色荧光蛋白(GFP)表达载体pETXCG。利用生物信息学在整个基因组上预测了与果蝇心脏发育相关的顺式调控元件。通过转基因技术,将连接有顺式调控元件的GFP表达载体导入果蝇体内。最终使用免疫组化和原位杂交的方法验证了这些顺式调控元件在心脏发育中的调控表达机制。
 
从基因组非编码区大规模筛选基因增强子的研究     2008 – 2009
        与哈佛大学的Dr. Bulyk实验室合作,通过特殊的引物大规模扩增基因组非编码区的DNA并克隆到含有报告基因的转基因载体。最后利用细胞流式仪分离特定荧光标记的细胞并检测报告基因的表达,从而达到大规模鉴定基因增强子的目的。该研究突破传统的低效率寻找增强子的方法,为快捷准确预测和鉴定基因增强子提供新途径。
 
Drexel大学Dr. Felice Elefant实验室
果蝇组蛋白乙酰转移酶Tip60的功能研究     2003 – 2007
        克隆了Dmel\Tip60基因。应用实时RT-PCR揭示了Dmel\Tip60 (以及Dmel\Elp3)在果蝇发育各阶段的表达特征。验证了Dmel\Tip60的组蛋白乙酰转移酶活性。利用转基因技术,第一次培育出可调控的RNAi基因敲除果蝇。并进一步应用表型研究、原位杂交以及免疫组化等多种实验方法揭示Dmel\Tip60在果蝇生长发育过程中的细胞/组织特异性功能,并强调了表观遗传对于生物个体发育有着重要影响。
 
上海生物工程研究中心张毅研究员实验室
红细胞生成素 (EPO) 基因治疗    1999 – 2002
        利用EPO cDNA构建了pcDNA3-EPO基因治疗载体。通过RT-PCR和ELISA等实验证明该载体可以在转染的NIH3T3细胞株中稳定持续表达。使用脂质体包裹的载体肌肉注射小鼠后,发现基因治疗能够显著提高小鼠体内造血机能。该项目为EPO基因治疗的进一步深入研究奠定了基础。
 
华东师范大学吴自荣教授实验室
新型溶栓酶产生菌株的分离纯化和诱变育种    1996 – 1999
        从自然界分离纯化而得到一株能产生新型溶栓酶的菌株。它所产生的溶栓酶具有专一性溶解血纤维交联蛋白的功能。为了使之能更好的应用于生产,采取物理和化学的方法进行交替诱变,并通过大量筛选得到了若干高产菌株。此项研究为新型溶栓酶进入临床研究起到了重要支撑作用。
 
应用免疫PCR检测癌症    1997 – 1998
        参与了应用免疫PCR检测肿瘤病人样本中P53突变蛋白的研究。论文《利用免疫PCR技术检测肿瘤疾病的初步研究》荣获华东师范大学第六届大夏杯学生科技作品竞赛二等奖。
 
发表论文
1. Ping Lu, Xiaolong Chen, Yun Feng, Qiao Zeng, Cizhong Jiang, Xianmin Zhu, Guoping Fan, Zhigang Xue. Integrated transcriptome analysis of human iPS cells derived from a fragile X syndrome patient during neuronal differentiation. Sci China Life Sci. 2016, 59(11):1093-1105. 共同通讯作者,IF值2.297
2. Lina Lu, Bo Lv, Kevin Huang, Zhigang Xue, Xianmin Zhu, Guoping Fan. Recent advances in preimplantation genetic diagnosis and screening. J Assist Reprod Genet. 2016, 33(9):1129-34. 第五作者,IF值1.718
3. Ganlu Hu, Kevin Huang, Youjin Hu, Guizhen Du, Zhigang Xue, Xianmin Zhu, and Guoping Fan.  Single-cell RNA-seq reveals distinct injury responses in different types of DRG sensory neurons. Sci Rep. 2016, 6: 31851. 共同通讯作者,IF值5.578
4. Shuyang Xu, Xianmin Zhu,Hong Li, Youtian Hu, Jinping Zhou, Di He, Yun Feng, Lina Lu, Guizhen Du, Youjin Hu, Tiancheng Liu, Zhen Wang, Guohui Ding, Jiayu Chen, Shaorong Gao, Fang Wu, Zhigang Xue, Yixue Li, and Guoping Fan. The 14th Ile residue is essential for Leptin function in regulating energy homeostasis in rat. Sci Rep. 2016, 6: 28508. 第一作者,IF值5.578
5. Youjin Hu, Kevin Huang, Qin An, Guizhen Du, Ganlu Hu, Jinfeng Xue, Xianmin Zhu, Cun-Yu Wang, Zhigang Xue and Guoping Fan. Simultaneous profiling of transcriptome and DNA methylome from a single cell. Genome Biol. 2016, 5;17(1):88. 第七作者,IF值10.81
6. Qichao Wang, Rui Wen, Qinghua Lin, Na Wang, Ping Lu, Xianmin Zhu. Wogonoside shows antifibrotic effects in an experimental regression model of hepatic fibrosis. Dig Dis Sci. 2015, 60(11): 3329-39. 通讯作者,IF值2.613
7. Yanqin Ju, Jianping Ge, Xudong Ren, Xianmin Zhu, Zhigang Xue, Yun Feng, Shouliang Zhao. Cav1.2 of L-type calcium channel is a key factor for the differentiation of dental pulp stem cells. Journal of Endodontics. 2015, 41(7): 1048–55.第四作者,IF值3.375
8. Zhenshan Liu, Rongfeng Jiang, Songtao Yuan, Na Wang, Yun Feng, Ganlu Hu, Xianmin Zhu, Kevin Huang, Jieliang Ma, Guotong Xu, Qinghuai Liu, Zhigang Xue, Guoping Fan. Integrated analysis of DNA methylation and RNA transcriptome during in vitro differentiation of human pluripotent stem cells into retinal pigment epithelial cells. PLoS One. 2014, 9(3):e91416. 第七作者,IF值4.092
9. Qichao Wang, Xianmin Zhu, Yun Feng, Zhigang Xue, Guoping Fan. Single-cell genomics: An overview. Front. Biol. 2013, 8(6): 569–76.
10. Shaad M. Ahmad, Brian W. Busser, Di Huang, Elizabeth J. Cozart, Sébastien Michaud, Xianmin Zhu, Neal Jeffries, Anton Aboukhalil, Martha L. Bulyk, Ivan Ovcharenko and Alan M. Michelson. Machine learning classification of cell-specific cardiac enhancers uncovers developmental subnetworks regulating progenitor cell division and cell fate specification. Development. 2014, 141(4): 878-88. 第六作者,IF值6.596
11. Stephen S. Gisselbrecht, Luis Barrera, Martin Porsch, Preston W. Estep, Anastasia Vedenko, Anton Aboukhalil, Alexandre Palagi, Yongsok Kim, Xianmin Zhu, Brian Busser, Caitlin E. Gamble, Antonina Iagovitina, Alan M. Michelson, Martha L. Bulyk. Highly parallel assays of tissue-specific enhancers in whole Drosophila embryos. Nature Methods. 2013, 10(8): 774-80.第九作者,IF值19.276
12. Xianmin Zhu, Shaad M. Ahmad, Anton Aboukhalil, Brian W. Busser, Yongsok Kim, Terese R. Tansey, Adrian Haimovich, Neal Jeffries, Martha L. Bulyk and Alan M. Michelson. Differential regulation of mesodermal gene expression by Drosophila cell type- specific Forkhead transcription factors. Development. 2012, 139(8): 1457-66.第一作者,IF值6.596
13. Meridith Lorbeck, Keerthy Pirooznia, Jessica Sarthi, Xianmin Zhu, and Felice Elefant. Microarray analysis uncovers a role for Tip60 in nervous system function and general metabolism. PLoS One. 2011, 6(4): e18412.第四作者,IF值4.092
14. Xianmin Zhu, Neetu Singh, Christopher Donnelly, Pamela Boimel and Felice Elefant. The cloning and characterization of histone acetyltransferase human homolog Dmel\TIP60 in Drosophila melanogaster: Dmel\TIP60 is essential for multicellular development. Genetics. 2007, 175(3): 1229-40.第一作者,IF值4.007
15. Xianmin Zhu, Zhongmei Chu, Yunlong Hu, Jianfeng Lu, Cheng Liu, Xianming Qu, Yi Zhang. In vitro and in vivo transfection and expression of plasmid-based non-viral vector for erythropoietin gene therapy. Biotechnol. Lett. 2002, 24(11): 943-47.第一作者,IF值1.683
16. 祝献民, 张毅. 质粒载体的基因治疗. 生命的化学. 2002, 22(6): 583-5.
17. 张美华, 汪小燕, 吴自荣, 祝献民, 宋频杰. 应用免疫PCR检测癌症的初步研究. 生物技术. 2000, 10(5): 9-11.
 
科研项目
1.  基于瘦素基因敲除大鼠模型的非酒精性脂肪肝的致病机制研究和实验性治疗,81570521,祝献民,国家自然基金委面上项目,2016.1-2019.12,68万元,主持
2.  基于瘦素基因敲除的非酒精性脂肪肝大鼠模型的开发和实验性治疗,15140903900,祝献民,上海科委,2015.10-2017.9,25万元,主持
3.  脆性X染色体综合征关键致病蛋白FMRP在神经细胞中转录调控机制的研究,祝献民,教育部第48批“留学回国人员科研启动基金”,2015,3.5万元,主持
4.  菟丝子黄酮促进精原干细胞增殖分化的表观遗传学机制研究,祝献民,横向经费,2014.7-2016.7,25万,主持
5.  X染色体失活与异常胚胎发育相关性的分子机制研究,81430026,薛志刚,国家自然科学基金重点项目,2015.1-2019.12,320万元,骨干
6.  眼上皮成体干细胞原位再生治疗重要盲眼病的机理研究,2015CB964602,刘奕志,科技部973基础研究计划,2015.1-2019.12,100万元,骨干
7.  干细胞修复动物肝病模型中受损肝组织的方法及机理研究,2015CB964702,李尹雄,科技部973基础研究计划,2015.1-2019.12,180万元,骨干

 

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