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赵倩
来源:  作者:  发表时间:2012-09-11  阅读次数:9257次

姓        名:赵倩

学        位:博士

导师情况:

研究领域:生物信息学,表观基因组学

研究方向:

1、开发BS-seq综合分析平台,关注不同细胞状态下的DNA甲基化变化,进而探讨不同细胞状态变化背后的表观遗传机制。

2、基于单碱基分辨率的DNA羟甲基化数据,研究其相关转录调控机制。

3、发展全新生物信息算法,发现和探讨印迹基因的表观遗传修饰特征。

E-mail:zhaoqian@tongji.edu.cn

联系电话:

通讯地址:上海市杨浦区四平路1239号同济大学生命科学与技术学院

个人简介:

      2005年本科毕业于北京邮电大学,获学士学位;2010年毕业于中国科学院北京基因组研究所,获博士学位;2010年-2012年于同济大学生命科学与技术学院从事博士后研究工作。在博士和博士后期间一直从事高通量表观基因组学的数据库搭建、数据整合分析、方法学建立以及算法开发工作。目前致力于基于高通量生物学数据,发展生物信息算法,整合多维度数据,希望能够揭示在全能和多能干细胞中所发生的表观遗传调控机制。

      作为负责人先后承担中国博士后基金和国家自然基金委青年项目。

 

代表性文章:

1. Zhao Q, Zhang Y. Epigenome sequencing comes of age in development, differentiation and diseases mechanism research. Epigenomics 2011; 3(2):207-20.

2. Zhao Q, Xiao J, Yu J. An integrated analysis of lineage-specific small proteins across eight eukaryotes reveals functional and evolutionary significance. PROG BIOCHEM BIOPHYS 2012; 39(4):359-67.

3. He X*, Chang S*, Zhang J*, Zhao Q*. MethyCancer: the database of human DNA methylation and cancer. Nucleic Acids Res 2008; 36(suppl1):D836-41 (*co-first author)

4. Li J*, Zhao Q*, Lars Bolund. Computational methods for epigenetic analysis: the protocol of computational analysis for modified methylation-specific digital karyotyping based on massively parallel sequencing. Methods Mol Biol 2011; 791:313-28 (*co-first author)

5. Wang C, Tian R, Zhao Q, Xu H, Meyer CA, Li C, Zhang Y, Liu XS. Computational inference of mRNA stability from histone modification and transcriptome Profiles. Nucleic Acids Res 2012 (advance online).

6. Yang L, Zhang K, Dai W, He X, Zhao Q, Wang J, Sun Z. Systematic evaluation of genome-wide methylated DNA enrichment using a CpG island array. BMC Genomics 2011; 12:1

 

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