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刘琦
来源:  作者:  发表时间:2011-11-26  阅读次数:38856次

       

姓         名:刘琦

学         位:博士

导师情况:博士生导师

研究领域:生物信息学, 药物信息学, 人工智能

E-mailqiliu@tongji.edu.cn

联系电话

通讯地址:上海市四平路1239号,同济大学生命科学与技术学院(200092)

 

个人简介:

       合肥工业大学计算机应用专业本科,浙江大学计算机应用专业硕士,浙江大学-美国佐治亚大学系统生物学博士联合培养 (导师: 陈纯院士Prof. Xiuzi Ye/长江学者, Prof. Ying Xu/海外千人 ), 香港科技大学人工智能方向博士后 (导师: 杨强教授/IEEE Fellow, AAAI Fellow)。历任同济大学生命科学与技术学院副教授,现任同济大学生命科学与技术学院教授(2013 -, 破格),同济大学附属第十人民医院转化医学中心教授。ISCB Member, IEEE会员,ACM会员,中国计算机学会CCF会员(生物信息学专业组委员),中国人工智能学会会员 (生物信息学与人工生命专委会委员), 中国运筹学会会员(计算系统生物学分会理事),中国中文信息处理学会会员,中国医药生物技术协会会员(生物医学大数据委员会委员)。入选上海市科技启明星人才浦江人才获2017年第七届文俊人工智能自然科学技术奖三等奖

 

       主要研究方向为生物信息学及药物信息学。我们的生物医药大数据挖掘课题组(BM2, stand for Biological and Medical Big Data Mining) 致力于应用不断发展的人工智能及机器学习技术来挖掘高通量生物数据及药物数据, 以进行生物问题机制的解释以及更加有效的in-silico药物和小RNA设计。目前重点关注于以下两个相关领域:(1)药物信息学与肿瘤精准医学;(2)siRNA及CRISPR/Cas9设计。      

 

        已在Nature旗下一区杂志Clinical Pharmacology & Therapeutics, Nature Communications, CELL旗下刊物Trends in Biotechnology, Trends in Pharmacological Sciences 以及主流的生物信息学及药物信息学期刊如 Bioinformatics, Briefings in Bioinformatics, Molecular Therapy-Nucleic Acids, Journal of Computational Chemistry, Journal of Chemical Information and Modeling, Journal of Cheminformatics, Nucleic Acids ResearchBMC Bioinformatics, BMC Genomics 等及机器学习领域国际顶级期刊及会议如TKDE, SDM, ICDM 等发表系列论文60余篇,参加英文专注编写2部,开发了相应的生物信息学及药物信息学分析软件平台20余项,形成专利10余项。

 

       目前主持及参与了科技部精准医学重点研发计划,科技部慢病专项重点研发计划,科技部863计划生物信息学重大专项,国家自然科学基金面上项目,国家自然科学基金青年项目,上海市科研创新重点基金项目,上海市自然科学基金探索类项目,教育部博士点基金项目,中央高校交叉类基金,中央高校军工类预研基金项目等。担任2016年国家重点研发计划精准医学项目以及生物安全-传资源库建设项目的会评专家等。和国际制药公司开展了广泛的合作。同时承担学院本科生“机器学习理论与方法”以及“生物信息学算法与实践”的专业必修课教学任务, 积极进行生物信息学和人工智能方向的科普宣传(见: 生物信息学研究的思考),  开展双语及全英文课程建设。 2011, 2012, 2015年分别获同济大学青年教师讲课比赛团体二等奖, 个人二等奖, 英文组个人三等奖。

 

      担任主流生物信息学,药物信息学,机器学习期刊会议(Genome Research, Genome Biology, Clinical Pharmacology & Therapeutics, NAR, Bioinformatics, BIB, Briefings in Functional Genomics BMC Bioinformatics, BMC Genomics, BMC Systems Biology, Plos Computational Biology, Journal of Cheminformatics, Journal of Computational Chemistry, Journal of Chemical Information and Modeling, MTNA, Gene, GPB, Quantitative Bioogy, Journal of Theoretical Biology, TCBB, TKDE, KDD, Neurocomputing, 软件学报中国科学计算机学报人工智能与模式识别计算机研究与发展生物工程学报) 审稿人。担任TCBB等期刊 Leading Guest Editor. ( Guest Editor for Current Topics in Medicinal Chemistry special issue: Old drugs learn new tricks 2016 , IEEE ACM Transaction on Computational Biology and Bioinformatics special issue: Advanced machine learning techniques in bioinformatics 2017 etc. )

 

       主要荣誉和奖项:

1.  2017:吴文俊人工智能自然科学技术奖三等奖;

2.  2016:上海市青年科技“启明星”人才奖;

3.  2016:同济大学“育才奖”;

5.  2016:Innovative Medicine Cool Scientist Nomination on CRISPR sgRNA design optimization,

                     AstraZeneca & Tongji University;

    6.  2015:同济大学英才计划“攀登人才”;

    7.  2013:同济大学育才奖教金二等奖;

    8.  2012:同济大学英才计划“骨干人才”;

    9.  2011:上海市浦江人才;

    10.  2010:同济大学优秀青年人才计划;

 

    Lab alumni (not updated)!

     课题组 BM2 Lab

 

News:

 

@ 2016-10-15:  中国计算机学会(CCF)通讯约稿:生物信息学研究的思考。部分内容来自我在第四届“数学,计算机与生命科学交叉研究”青年学者论坛的报告内容。欢迎指正。

 

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