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刘琦
来源:  作者:  发表时间:2011-11-26  阅读次数:38090次

       

姓         名:刘琦

学         位:博士

导师情况:博士生导师

研究领域:生物信息学, 药物信息学, 人工智能

E-mailqiliu@tongji.edu.cn

联系电话

通讯地址:上海市四平路1239号,同济大学生命科学与技术学院(200092)

 

个人简介:

       浙江大学生物信息学博士, 美国佐治亚大学系统生物学博士联合培养 (导师: Prof. Ying Xu ), 香港科技大学计算机应用博士后 (导师: Prof. Qiang Yang). 历任同济大学生命科学与技术学院副教授, 现任同济大学生命科学与技术学院教授(2013 -)。IEEE会员,ACM会员,中国计算机协会CCF会员(生物信息学专业组委员),中国人工智能学会会员 (生物信息学与人工生命专委会委员), 中国运筹学会会员(计算系统生物学分会理事),中国中文信息处理学会会员,中国医药生物技术协会会员(生物医学大数据委员会委员)。入选上海市科技人才启明星计划,浦江人才计划。

       主要研究方向为生物信息学及药物信息学。我们的生物医药大数据挖掘课题组(BM2, stand for Biological and Medical Big Data Mining) 致力于应用不断发展的人工智能及机器学习技术来挖掘高通量生物数据及药物数据, 以进行生物问题机制的解释以及更加有效的in-silico药物和小RNA设计。目前的研究兴趣以机器学习及数据挖掘算法设计、应用及大数据分析架构设计等技术为支撑,重点关注于以下两个相关领域:(1)药物信息学与肿瘤精准医学;(2)siRNA及CRISPR/Cas9设计。      

      已在Nature旗下一区杂志Clinical Pharmocology & Thrapeutics, Nature Communications, CELL旗下刊物Trends in Biotechnology, 以及主流的生物信息学及药物信息学期刊如 Bioinformatics, Briefings in Bioinformatics, Molecular Therapy-Nucleic Acids, Scientific Reports, Plos one, Journal of Computational Chemistry, Journal of Chemical Information and Modeling, Nucleic Acids ResearchBMC Bioinformatics, BMC Genomics 及机器学习领域国际顶级期刊及会议如TKDE, SDM, ICDM 等发表一系列论文, 开发了相应的生物信息学及药物信息学分析软件平台并形成专利。目前主持及参与了科技部重大研发计划,863计划,国家自然科学基金以及上海市级基金项目。担任2016年国家重点研发计划精准医学项目以及生物安全-传资源库建设项目的评审专家。同时承担学院本科生“机器学习理论与方法”以及“生物信息学算法与实践”的专业必修课教学任务, 2011, 2012, 2015年分别获同济大学青年教师讲课比赛团体二等奖, 个人二等奖, 英文组个人三等奖。

        Guest Editor for Current Topics in Medicinal Chemistry(CTMC) special issue: Old drugs learn new tricks 2016 , IEEE ACM Transaction on Computational Biology and Bioinformatics (TCBB) special issue: Advanced machine learning techniques in bioinformatics 2017 etc.

        Reviewer for Bioinformatics, Briefings in Bioinformatics, Briefings in Functional Genomics, Genome Biology, NAR, BMC Bioinformatics, BMC Genomics, BMC Systems Biology, Plos Computational Biology, Journal of Computational Chemistry, Scientific Reports, Plos one, Journal of Chemical Information and Modeling, IEEE ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics (TCBB) , IEEE Transactions on Knowledge and Data Engineering (TKDE), ACM SIGKDD Conference on Knowledge Discovery and Data Mining (KDD) etc.

    Lab alumni (not updated)!

     课题组 BM2 Lab

 

News:

 

@ 2016-10-15:  中国计算机学会(CCF)通讯约稿:生物信息学研究的思考。部分内容来自我在第四届“数学,计算机与生命科学交叉研究”青年学者论坛的报告内容。欢迎指正。

@ 2016-9-8:  For students who are willing to join us, please DOWNLOAD my basic introduction just presented

                       to the new coming students in rotation in this semester. 

 

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