副教授

王海芸

 

姓         名:王海芸

职         称:副教授

导师情况:博士生/硕士生导师

研究领域:生物信息学

研究方向: 1、肿瘤异质性与癌症用药的耐药性机制及合并用药研究
                  2、癌症的新型生物标志物研究

E-mailwanghaiyun@tongji.edu.cn

联系电话:021-65980233

通讯地址:上海市四平路1239号同济大学生命科学与技术学院 200092

 

个人简介:

       王海芸,同济大学生命科学与技术学院副教授。1998年本科毕业于中南大学湘雅医学院(医学);2004年获哈尔滨医科大学硕士学位(生物信息学);2009年获同济大学博士学位(生物信息学);2012-2014年美国哈佛医学院Dana-Farber癌症研究所访问学者(生物信息学)。2004年任职于同济大学生命学院至今。先后主持国家自然科学基金《运用比较基因组学基于基因关系传递模式研究基因表达调控的进化机制》、《基于高通量药物基因组学数据的肺癌个性化联合用药方案筛选和评估》和《非小细胞肺癌不同KRAS突变型的治疗异质性与精准联合用药研究》。参与国家精准医学研究重点专项《头颈部恶性肿瘤个性化药物评价及临床转化体系建立》和参与重大科学计划项目《微小RNA在若干重要器官发育中的网络调控机理及其功能》子项目等研究。发表SCI文章20余篇。国家自然科学基金函评专家,《Bioinformatics》、《BMC Genomics》、《Scientific Reports》和《Journal of Theoretical Biology》等杂志同行评审专家。

 

发表论文:

  1. Ambrogio C, Köhler J, Zhou ZW, Wang H, Paranal R, Li J, Capelletti M, Caffarra C, Li S, Lv Q, Gondi S, Hunter JC, Lu J, Chiarle R, Santamaría D, Westover KD, Jänne PA. KRAS Dimerization Impacts MEK Inhibitor Sensitivity and Oncogenic Activity of Mutant KRAS. Cell. 2018 Feb 8;172(4):857-868.e15.
  2. Wang J, Liu K, Liu Y, Lv Q, Zhang F, Wang H*. Evaluating the bias of circRNA predictions from total RNA-Seq data. Oncotarget. 2017 Dec 6;8(67):110914-110921.
  3. Linyan Wang, Haiyun Wang, Dongli Song, Menglin Xu, Michael Liebmen. New strategies for targeting drug combinations to overcome mutation-driven drug resistance. Seminars in Cancer Biology. 2017 Feb;42:44-51.
  4. Yin Liu, Teng Fei, Xiaoqi Zheng, Peng Zhang, Myles Brown, Xiaole Shirley Liu, Haiyun Wang*. An integrative pharmacogenomic approach identifies two-drug combination therapies for personalized cancer medicine. Sci Rep. 2016, 26:6.
  5. Jinzeng Wang, Qi Lv, Xujuan Li, Ya Liu, Kang Liu, Haiyun Wang*. Post-transcriptional and translational regulation modulates gene co-expression behavior in more synchronized pace to carry out molecular function in the cell. Gene. 2016, 587(2).
  6. Naiqian Zhang#, Haiyun Wang#, Yun Fang, Zuoli Dong, Xiaoming Liu, Fayou Wang, Jun Wang, Xiaoqi Zheng, X. Shirley Liu. Predicting anticancer drug responses using a dual-layer integrated cell line-drug network model. Plos Computational Biology. 2015 Sep 29;11(9).
  7. Haiyun Wang*, Xiaoqi Zheng, Teng Fei, Jinzeng Wang, Xunjuan Li, Ya Liu, Fan Zhang. Towards pathway-centric cancer therapies via pharmacogenomic profiling analysis of ERK signalling pathway. Clin Transl Med. 2015 Dec;4(1):66.
  8. Jian Wang#, Yong Zhang#, Haiyun Wang#, Xiangdong Wang. Global analysis of chromosome 1 genes among patients with lung adenocarcinoma, squamous carcinoma, large cell carcinoma, small cell carcinoma, or non-cancer. Cancer Metast Rev. 2015 Jun;34(2).
  9. Yun Fang, Yufang Qin, Naiqian Zhang, Jun Wang, Haiyun Wang*, Xiaoqi Zheng*. DISIS: prediction of drug response through an iterative sure independent screening. Plos One. 2015 Mar 20;10(3).
  10. Yong Zhang, Haiyun Wang, Jian Wang, Lianming Bao, Lingyan Wang, Jiayuan Huo, Xiangdong Wang. Global analysis of chromosome 1 genes among patients with lung adenocarcinoma, squamous carcinoma, large-cell carcinoma, small-cell carcinoma, or non-cancer. Cancer Metast Rev. 2015 Jun;34(2).
  11. Xiaoqi Zheng, Qian Zhao, Hua-Jun Wu, Wei Li, Haiyun Wang, Clifford A Meyer, Qian Alvin Qin, Han Xu, Chongzhi Zang, Peng Jiang, Fuqiang Li, Yong Hou, Jianxing He, Jun Wang, Jun Wang, Peng Zhang, Yong Zhang and Xiaole Shirley Liu. MethylPurify: tumor purity deconvolution and differential methylation detection from single tumor DNA methylomes. Genome Biology. 2014, 15(8): 419.
  12. Haiyun Wang*, Clifford A Meyer, Teng Fei, Gang Wang, Fan Zhang, X Shirley Liu. A systematic approach identifies FOXA1 as a key factor in the loss of epithelial traits during the epithelial-to-mesenchymal transition in lung cancer. BMC Genomics. 2013, 14: 680.

 

承担项目
1.非小细胞肺癌不同KRAS突变型的治疗异质性与精准联合用药研究,国家自然科学基金面上项目(2018),主持,经费58万。
2. 基于高通量药物基因组学数据的肺癌个性化联合用药方案筛选和评估,国家自然科学基金面上项目(2016),主持,经费60万。
3. 头颈部恶性肿瘤个性化药物评价及临床转化体系建立,精准医学研究重点专项(2018),参与。
4.运用比较基因组学基于基因关系传递模式研究基因表达调控的进化机制,国家自然科学基金青年项目(2012),主持,经费28万,结题。
5.药物对动植物细胞作用机理研究,横向项目(2011),主持,经费50万,结题。
6.miRNA在心脏和血管发育过程中的调控作用,973重大专项,参与,经费35万,结题。
7.肾虚证的代谢网络和数学模型研究,国家自然科学基金,参与,结题。
8.人类复杂疾病基因表达谱特征基因识别技术,国家自然科学基金,参与,结题。

 

专著:
1. 转化生物信息学系列丛书11《Application of Clinical Bioinformatics》第11章《Integrative Biological Databases》 (Springer出版社,2016年出版)
2. 全国高等学校临床医学专业长学制卫生部规划教材《生物信息学》第七章《基因芯片数据分析》(人民卫生出版社,2010年出版,供8年制及7年制用)
3. 生物信息学基础《概率论与信息论基础》编委(哈尔滨出版社)

 

获奖情况:
1.  同济大学生命学院2017年优秀班主任
2.  同济大学生命学院2016年优秀教学工作者
3.  2012年国家留学基金委全额资助留学的优秀青年骨干教师
4.  2011年同济大学青年教师讲课竞赛团体二等奖
5.  2007-2008学年度同济大学第二期大学生创新实践训练计划(SITP)二等奖指导教师
6.  同济大学2007毕业设计(论文)优秀指导教师
7.  同济大学教学成果一等奖:生命科学与技术创新人才培养模式的探索与实践

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