曹志伟

姓       名:曹志伟
学       位:博士
导师情况:博士生导师
研究领域:生物信息学,计算生物学
研究方向:
1药物多成分协同作用;
2.免疫识别规律;
联系电话:65980296  
通讯地址:上海市四平路1239号医学楼1013室,同济大学生命科学与技术学院(200092),Email: zwcao@tongji.edu.cn

个人简介:
 曹志伟,女,中共党员,教授,博导。本科毕业于南开大学,硕士毕业于南京大学,博士毕业于新加坡国立大学。上海浦江人才、曙光学者,教育部新世纪优秀人才,并获得上海市新长征突击手表彰。中华中医药学会中医药信息分会副主委,世中联中药系统科学与工程专委会副会长,上海中西医结合学会系统医学专业委员会副主任、上海生物信息学会理事等。已承担多项973、863、精准医学、重大专项和自然基金以及上海市项目十余项,以主要通讯作者发表了 Nature Communications, Nucleic acids research等SCI文章100多篇。

  • 主要研究多组分协同用药机制和免疫特异识别规律,以应用于临床疾病预防与治疗:
  • 多组分协同用药机制:整合现代海量组学数据,建立了中医药计算生物学理论方法体系,包括多成分协同药效计算模型RACS,中药多成分靶网络全景分析策略,以及特色中药数据库集群等,应用于癌症组合用药筛选。
  • 免疫特异识别规律:在挖掘抗体抗原识别规律的基础上,先后建立了抗原空间表位预测工具SEPPA,以及不依赖于实验数据的免疫原性比对工具 CE-BLAST,为疫苗设计提供了高效计算工具。

   开设教学课程:生物信息学概论,计算机辅助药物设计

承担研究课题:

  • 中药复方配伍理论的计算模拟与系统分析:国家重点研发计划中医药现代化研究专项
  • 中国重大疾病与罕见病临床与生命组学数据库:科技部“精准医学研究”重点专项
  • 抗体结构功能的生物信息学研究:科技部973 

近年代表文章
1.Qiu Tianyi,et al, Cao Zhiwei*, CE-BLAST: Making it possible to compute antigenic similarity for newly emerging pathogens, Nature Communications 2018 May 2;9(1):1772.  
2.Sun Y, Sheng Z, Ma C, Tang K, Zhu R, Wu Z, Shen R, Feng J, Wu D, Huang D, Huang D, Fei J, Liu Q, Cao Z*, Combining genomic and network characteristics for extended capability in predicting synergistic drugs for cancer, Nature Communications, 2015, Sep 28;6:8481..
3.Qi Tao, Qiu T, Zhang Q, Tang K, Fan Y, Qiu J, Wu D, Zhang W, Chen Y, Gao J, Zhu R, Cao ZW.*  SEPPA 2.0--more refined server to predict spatial epitope considering species of immune host and subcellular localization of protein antigen. Nucleic Acids Res. 2014 Jul;42(Web Server issue):W59-63.
4.Hao Ye, Li Ye,Hong Kang,Duanfeng Zhang,Lin Tao,Kailin Tang, Xueping Liu,Ruixin Zhu,Qi Liu, Y. Z. Chen, Yixue Li and Zhiwei Cao*, HIT: linking herbal active ingredients to targets,  Nucl. Acids Res. 2011 Jan;39:D1055-9.
5.Sun J, Wu D, Xu T, Wang X, Xu X, Tao L, Li YX, Cao ZW*. SEPPA: a computational server for spatial epitope prediction of protein antigens. Nucleic Acids Res. 2009 Jul 1;37(Web Server issue):W612-6. Epub 2009 May 22.
6.J. Jia, F. Zhu, X.H. Ma, Z.W. Cao, Y.X. Li and Y.Z. Chen, Mechanisms of drug combinations from interaction and network perspectives. Nat. Rev. Drug Discov., 2009 Feb;8(2):111-28.

 

 

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