刘琦

       

姓         名:刘琦

学         位:博士

导师情况:博士生导师

研究领域:生物信息学, 药物信息学, 人工智能

E-mailqiliu@tongji.edu.cn

通讯地址:上海市四平路1239号,同济大学生命科学与技术学院(200092)

 

个人简介:

        合肥工业大学计算机应用专业本科,浙江大学计算机应用专业硕士,浙江大学-美国佐治亚大学系统生物学博士联合培养 , 香港科技大学人工智能方向博士后。历任同济大学生命科学与技术学院副教授,现任同济大学生命科学与技术学院教授(2013 -, 破格)。ISCB Member, IEEE会员,ACM会员,中国计算机学会CCF高级会员(生物信息学专业组委员),中国人工智能学会会员 (生物信息学与人工生命专委会委员), 中国运筹学会会员(计算系统生物学分会理事),中国抗癌协会肿瘤标志专委会肿瘤测序及大数据协作组常委,中国医药生物技术协会会员(生物医学大数据委员会委员), 美中药物开发协会(SAPA) 会员等。入选同济大学青年“百人计划”,上海市科技启明星人才,浦江人才,获2017年第七届吴文俊人工智能自然科学技术奖三等奖, 获2018年药明康德生命化学奖

       主要研究方向为生物信息学。我们的生物医药大数据挖掘课题组(BM2, stand for Biological and Medical Big Data Mining) 的目标是进行临床转化研究。致力于应用不断发展的人工智能及机器学习技术来挖掘高通量多组学生物医学数据, 助力以下二个相关领域的研究(基因编辑;肿瘤相关高通量组学数据建模 、精准用药、药物发现以及肿瘤免疫治疗),其核心是进行复杂系统性疾病如肿瘤的诊断和精准治疗。课题组目前开发了相应的计算软件平台20余项,形成专利10余项。研究领域如下:

    (1)基于人工智能技术的基因编辑系统的优化设计。【Briefings in Bioinformatics 2012;SDM 2012;ICDM 2013;TKDE 2014;Molecular Therapy-Nucleic Acids 2016;Trends in Biotechnology 2016;Bioinformatics 2016;Briefings in Bioinformatics 2017;Genome Biology 2018】. 我们于2018年在Genome Biology发表的基因编辑辅助优化设计平台DeepCRISPRF1000 Recommdation  Technical Advance

    (2)基于人工智能及多组学整合的肿瘤精准用药、药物发现及肿瘤免疫治疗。【Briefings in Bioinformatics 2013;Bioinformatics 2013; Journal of Computational Chemistry 2014;Journal of Chemical Information and Modeling 2014;Journal of Cheminformatics 2015;Clinical Pharmacology & Therapeutics 2015;Nature Communications 2015;BMC Genomics 2016; Trends in Pharmacological Sciences 2017; WIREs Computational Molecular Science 2018;Genomics Proteomics & Bioinformatics 2018】      

        目前主持及参与了科技部精准医学重点研发计划,科技部慢病专项重点研发计划,科技部863计划生物信息学重大专项,国家自然科学基金等多项国家和省部级项目。和国际制药公司开展了广泛的合作。同时承担学院本科生“机器学习理论与方法”以及“生物信息学算法与实践”的专业必修课教学任务, 积极进行生物信息学、药物研发和人工智能方向的科普宣传(见: 生物信息学研究的思考化学界诞生了一个"AlphaGO", 人工智能应用于新药研发的范式转变),  开展双语及全英文课程建设。 2011, 2012, 2015年分别获同济大学青年教师讲课比赛团体二等奖, 个人二等奖, 英文组个人三等奖。

      担任主流生物信息学,药物信息学,机器学习期刊会议(Nature Machine Intelligence, Genome Research, Nature Communications, Genome Biology, Communication BiologyClinical Pharmacology & Therapeutics, NAR, Bioinformatics, BIB, Briefings in Functional Genomics BMC Bioinformatics, BMC Genomics, BMC Systems Biology, Plos Computational Biology, Journal of Cheminformatics, Journal of Computational Chemistry, Journal of Chemical Information and Modeling, MTNA, Gene, GPB, Quantitative Biology, Journal of Theoretical Biology, TCBB, TKDE, KDD, Neurocomputing, 软件学报中国科学计算机学报人工智能与模式识别计算机研究与发展生物工程学报) 审稿人。担任TCBB等期刊 Leading Guest Editor. ( Guest Editor for Current Topics in Medicinal Chemistry special issue: Old drugs learn new tricks 2016 , IEEE ACM Transaction on Computational Biology and Bioinformatics special issue: Advanced machine learning techniques in bioinformatics 2017 etc. ) 

 

       主要荣誉和奖项:

1.  2018:药明康德生命化学奖

2.  2018:国际合成生物学大赛(iGEM)Tongji-Software队领队,获金奖

3.  2017:吴文俊人工智能自然科学技术奖三等奖;

4.  2016 :  同济大学青年“百人计划”;

5.  2016:上海市青年科技“启明星”人才奖;

6.  2016:同济大学“育才奖”;

    7.  2015:同济大学英才计划“攀登人才”;

    8.  2013:同济大学育才奖教金二等奖;

    9.  2012:同济大学英才计划“骨干人才”;

    10.  2011:上海市浦江人才;

    11.  2010:同济大学优秀青年人才计划;

 

    Lab alumni (not updated)!

     课题组 BM2 Lab

 

课题组常年招聘助理教授,博士后,研究助理;并欢迎博士生,硕士生,本科生报考和实习。

 

 

• My Research ID:

 

 

 

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